毛承祿兵敗的消息傳到登萊，孫元化想讓旅順的水師接應一下剩下的援軍，畢竟從輿圖上看，水路到遼東的直線距離要短一些，但是此時已經寒冬，海上幾乎都是冰，孫元七擔心，不要士兵們還沒運回來就折在海上了吧，現在真是一點兒差池都出不得。孫元化擔心援兵全軍覆沒，不希望孔有德等人的援軍再折損，拖累戰局，為了保險起見還是走陸路安全，他趕緊派人命令孔有德與耿仲明二人摔軍撤退，孔有德、李九成、李應元在前，以騎兵做先導，耿仲明率領步兵在後，如山海關，借道北直隸撤回來。
與此同時，其餘援軍也在趕往遼東，但是他們的撤退動作比餘大成調集的山東兵要快，他們已經進入山海關，與其餘援軍相遇。幾日後，登萊援軍到達了北直隸河間府境內的吳橋縣而山東援軍還在山東境內的武定。
自從毛文龍被殺，孔有德與耿仲明叛離遼東，投靠孫元化以來，在山東就沒少受欺負，山東境內的官民一直對他們存在偏見，認為這幫遼東過來的人，就是一群土匪，軍紀差，而且侵占了他們的地盤，將一個好好的山東分裂成了兩塊，登州和萊州竟然自成一派。
孫元化心想此時正值用人之際，便將耿仲明等降將安置在登萊二州之後，山東的軍民可不幹了，暗中歧視這些遼東來的將士，從來沒給過他們好臉色，遼東將士在登萊當地還好一些，隻要一離開自己的地盤，立刻被地方官和山東本土軍隊欺淩。
比如這次，孔有德等人過了山海關之後，路過的所有山東的縣城、州府，沒有一個地方官來勞軍，不僅如此，連城門都不打開，原因竟是懷疑軍中藏有女真奸細，一切從遼東回來的人，都不允許進入。一萬遼東軍在十一月的嚴冬飽嚐冷風，隻得在城外風餐露宿，無糧無水，無人管他們的死活。而孔有德與耿仲明也知道自己是處於寄人籬下的地位，現在的情況可以說是沒了娘的孩子。在孫元化眼前還好，一旦脫離了孫元化的掌控範圍，那真是如過街老鼠一般，不得不夾著尾巴做人。