可惜的是，衛青與霍去病相繼離世，衛太子的地位也因為其秉性與漢武帝屢屢相悖而受到厭惡。
致使奸佞小人江充等人可以成功離間太子和皇帝的父子關係，最後釀成了巫蠱之禍。
太子劉據為了避免無辜被饞斃，就開始尋求母後衛子夫的支持，企圖起兵自衛。
據《漢書》記載：“太子使舍人無且持節夜入未央宮殿長秋門，因長禦倚華具白皇後，發中廄車載射士，出武庫兵，發長樂宮衛，告令百官曰江充反。”
當時的漢武帝在甘泉宮避暑，並不在內宮。
所以劉據首先就去尋求皇後的支持，長樂宮正是皇後的所在，而當時的武庫兵器也一定要有皇後的鳳印才能夠發動，沒錯就是皇後的鳳印，可見權利有多大，都能調兵了。
而這次發動武裝力量也將太子劉據和衛皇後徹底葬送。
在動亂被平息後，太子劉據一家被殺。
漢武帝也下令“詔遣宗正劉長樂、執金吾劉敢奉策收皇後璽綬，自殺。”
漢武帝和衛皇後的愛情故事至此以悲劇而收場，衛子夫進入宮廷之前是庶人的身份，結束生命時也是庶人的身份。
這樣的結局就是因為她以皇後的身份授權給了太子劉據起兵，卷入了這場漢室風波之中。
而在後來漢武帝思念衛太子，建立了思子宮和歸來望思之台。
但對於衛皇後，漢武帝卻從來也沒有表現出一絲懷念之情，也許漢武帝到最後也沒有原諒衛皇後的罪行。
由此可見，漢朝皇後手中掌握的權力非常強勁，甚至可以左右政局的走向。
漢代皇後的手中握有璽印，這就是權力的象征。漢代時期還是一個傳統社會，對於璽印等一係列特殊政治物品有天生的尊重心態，詔書中隻有加蓋了皇帝的玉璽才會成為旨意。
同樣，皇後的璽印也可以發號施令，行使核心政權。而且漢代的律法中並沒有規定皇後與太子等皇帝至親的權力範圍，這就意味著這種權力既可以趨近於零，也可以無限大。