人皇軒轅果然如妖師鯤鵬所言那樣，在廣成子等闡教諸仙的鼓動下對九黎部落展開了圍殺，不過九黎部落提前得到了精衛與悟道的通知，早已離開了原先的居住地，讓軒轅大軍撲了個空，軒轅無奈之下也隻能下令人族其他部落不要與九黎部落斷絕一切往來，這使得九黎部落逐漸脫離了人族。
軒轅統一人族之後，除了迫害九黎部落之外，其它方麵做得還算可以，他的元妃螺祖十分賢惠，創造出了種桑養蠶，抽絲編絹之術，在她的輔助下軒轅漸漸取得了人族的認同。不過到了晚期，軒轅因自身殺伐過重一直沒能功德圓滿，成就人皇大道。這時他心中不由地焦急萬分，廣成子身為人皇之師也是萬分著急，人皇一日不證道他就不能分得人皇之功德，可惜他並不知道由於自己的過錯，即使軒轅成就人皇之道他也得不到多少功德。
廣成子幾經思索之後終於想出了一個讓軒轅快速證得人皇大道之法，也就是采陰補陽雙修*，軒轅也正苦惱自己不知何時能證得大道，在得到廣成子的雙修*之後，廣聚天下美女，最終采百女元陰而成仙，證得人皇之道，於是後世就有了軒轅禦百女而成仙之說。
軒轅功德圓滿證得人皇大道，可惜他自身殺孽過重，又采百女元陰損及自身功德，雖然有天道庇護證得大道，但他損傷功德太多，在人間的威望遠不能與天皇伏羲、地皇神農相比，在他證道之時諸聖之中也隻有人教教主太上老君與闡教教主元始天尊前來觀禮，其他諸聖都覺得軒轅對自己傳道沒有太大作用，而且看他在人族的處事方式，並沒有什麽太大的作為，所以沒有前去觀禮，鯤鵬為人族聖師本應前往，但他幾次勸告軒轅無果，心中也是氣憤並沒有前往。伏羲與神農為人皇自當前往觀禮，看著軒轅，神農心中十分自責，是自己沒有選好繼承人才導致了人族遭受如此巨大的損失。