殷正茂得知花腰峰已被穩住，梁有訓已從金錫都撤退，當即率親兵三千出了惠州城，到前線督師，設行轅於潮陽縣東南二十裏的海門城。
海門城始建於洪武年間，坐臨大洋，城牆高兩丈，周圍九百七十丈，有四門，乃海防要塞，殷正茂在城內千戶所千戶署設下軍帳，傳檄俞大猷、王詔兩路大軍同時向馬耳澳進發。
傳令中軍剛要出發，許瑞攔住，對殷正茂道：“軍門，時下海上多西南風，從海豐來者順風，一二日可到馬耳澳；由銅山去馬耳澳為逆風，兩軍應審風勢，約期同時到達，不的，不是被林道乾各個擊破，就是讓他逃脫。”
“喔呀！差點誤了大事！”殷正茂猛醒，“你給掐算下時日，再傳檄。”
此時，梁有訓已回到馬耳澳，向林道乾稟報了官軍動向。
“他郎奶的，不能坐以待斃，老子給他來個出其不意！”林道乾吐了口唾沫道。
“大帥說的是。”梁有訓道，“我當東去，與俞大猷一戰，若勝則回師對付王詔，若不敵，可遁去外洋，再作計較。”
計定，林道乾率大船五十艘、小船八十艘，傾巢出動，向銅山突襲。
俞大猷接到殷正茂的令檄，率大小船一百零五艘，將士萬餘，排成扇形，向馬耳澳圍攏而來，剛出銅山，忽聞林道乾海船衝來，急命迎戰。自隨佛朗機人追擊林道乾，驚詫於佛朗機戰船火器的厲害，俞大猷在戰船上，就設置了仿古火器之製製成的鐵棒雷飛、母子火獸等炮，另有最能及遠的湧珠大炮。遂下令以火炮向敵船猛轟。
林道乾在海上多年，身經百戰，手下嘍囉又習於海，操縱舟船甚是諳熟、靈活，遂以小舟四處突襲，兩軍激戰，火光衝天，海浪四濺。
激戰一晝夜，難分勝負，梁有訓建言道：“大帥，看這陣仗，不必戀戰，向拓林撤退吧！”