五月三十日,被謝琰輕視的孫恩亂軍終於攻到了山陰城外。
接到稟報時，謝琰正是吃早飯，投箸而起，謝琰慨然道：“等滅了孫賊愚再來吃飯不遲。”
說這話謝琰底氣十足，北府軍的戰力遠勝於孫恩地烏合之眾。
當即以廣武將軍桓寶為先鋒，謝琰親率大軍隨後，出城迎擊孫恩亂軍。
正如謝琰所料，北府軍摧鋒陷陣，勢不可擋，片刻功夫就打敗了孫恩亂軍，亂軍向後退走。
謝琰意氣風發,傳令緊追不舍，一定要抓住孫恩，永絕後患。
山陰城外，河道縱橫，恰逢五月梅雨季節，河水暴漲，溝渠溢滿，道路變得越發狹窄，有地地方僅能讓一人獨行走過。
孫恩所部沿著溝渠、河流旁邊的道路四處逃竄，追擊地北府軍也河道分割得七零八落,有地地方排成了“一字長蛇陣”。
陸路狹窄難行，北府軍前後無法呼應，這時孫恩地水師在河中出現，用弓弩朝北府軍射擊，北府軍成了活靶子。
到哪裏都是箭雨，北府軍潰不成軍,四散奔逃，有的人走投無路直接跳入河中，被船上的亂軍用槍紮死。
謝琰率軍出戰時根本沒想到要派水軍接應，隻得帶了親衛沿著鑒湖湖堤向西逃竄。
抵達千秋亭（今柯亭）後，孫恩水軍追上，箭如雨點般飛至。謝琰讓親兵拚死抵抗，不讓船隻靠岸，自己繼續朝南跑。
帳下督張猛見敗局已定，在謝琰身後揮刀砍馬，戰馬驚痛立起，謝琰墮落於地。
張猛揮刀斬殺謝琰，謝琰身旁兩子謝肇、謝峻上前救父，亦被張猛斬殺。
張猛提著謝琰的人頭，高聲呼道：“謝琰已死，願降。”
北府軍主將被殺，越無戰心，在孫恩軍的追逐下四散逃命，孫恩輕易便奪下了山陰城，會稽郡被孫恩占據。
此戰，謝琰戰死，兩子亦死，謝琰三子隻剩下在京中的駙馬爺謝混了。前鋒廣武將軍桓寶亦戰死，北府軍將士死傷近半。