安政六年（1859年）六月底的時候，鹹亨洋行跑路，自嘉永三年（1850年）開始與幕府進行的密貿易由此中止。
因為之前毫無預兆，所以幕府中樞聞訊後異常震驚。
經過勘定所、長崎奉行所和目付所共同努力，在折騰了約一個半月後，這才發現此事早有征兆：
第一，鹹亨洋行的人員早就開始撤離，但幕府居然遲鈍地對此毫無警惕。
於嘉永七年（1854年）成立的對馬水軍傳習所中，本來有八名西洋水軍教授，都來自鹹亨洋行。但安政四年（1857年），幕府在江戶開辦築地軍艦教授所，裁撤對馬水軍傳習所，這八名洋人就離開扶桑了。
同時，本來韭山煉鐵所還有一些西洋技工，也是鹹亨洋行提供的，但後來也都走了，時間同樣在安政四年。
至於經商的人員，因為鹹亨洋行做的是密貿易，因此采購、銷售都委托給長崎奉行所，隻在對馬島有3個常駐人員。可這些人這次也以探親的名義一起隨商船溜了。
現在看，一個人都不留，當然是極其可疑。
可之前兩邊親密無間、如膠如漆，誰能想到鹹亨洋行突然撤走呢？對此，幕府嚴加懲處了監管的人員，可依然與事無補。
另一個征兆就是雙方交易商品種類的變化。
本來，鹹亨洋行在輸入書籍、報刊、機械、軍械之餘，也會輸入一些布匹和其它蘭物。但自從安政二年（1855年）開始“以扶桑金易海外銀”後，這些普通貨物的份額就逐步降低。
按理說，交易額下降是貿易中斷的明顯征兆，可因為雙方金銀兌換的數目逐年增加，居然沒有人注意到這一點——因為表麵看貿易額是上升的。
其實，也不是沒有人提前察覺危險。
小栗忠順在長崎奉行任上時，鑒於鹹亨洋行的重要性，他就曾向江戶提出過多次建白：