桓溫廢掉皇帝，雖然達到了自己的目的——樹立個人的絕對權威，但是，也令人側目，一不小心，就是株連九族的結局。
前秦皇帝苻堅對桓溫這種做法，非常的不以為然，他道：“桓溫此前敗於灞上，而今又敗於枋頭，十五年內兩次使國家軍隊遭受重大打擊。不但不反思過錯，向百姓謝罪，竟還廢黜君主。六十歲的老叟如此舉動，如何自容於天下？”
桓溫大權在握，也覺得暗藏危險，當下對朝中的異己力量大加廢徙。
武陵王司馬晞好習武事，又在朝中擔任太宰重職，素為桓溫所忌。桓溫以“聚納輕剽，苞藏亡命”為由彈劾司馬晞，免去司馬晞與其子司馬綜、司馬囗的官職，讓他們返回封地。之後，桓溫又逼新蔡王司馬晃自首，稱與司馬晞、司馬綜、著作郎殷涓、太宰長史庾倩、散騎常侍庾柔等人謀反，將他們收付廷尉，請予誅殺。
簡文帝知道桓溫汙蔑人家，想排除異己，當下死活不同意。
桓溫雖然沒殺他們，最終還是把司馬晞、司馬晃廢為庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族誅。
潁川庾氏是高門望族，勢力強盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆為朝中顯貴，深為桓溫所忌。庾倩、庾柔被誅後，庾蘊飲鴆自盡，庾希則與弟弟庾邈、兒子庾攸之逃入海陵陂澤。不過，他們最終也沒能逃掉，庾希、庾邈、武遵以及他子侄、部眾全被桓溫斬於建康。
桓溫誅除庾氏，威勢極盛。
司馬昱一看桓溫手段這麽殘忍，擔心著自己會不會被廢掉，當下向郗超詢問桓溫是否會再行廢立。
郗超以家族百口擔保不會再發生政變，司馬昱這才稍微安心。
他想出了一個可以讓自己更安心的辦法，就是召桓溫進京做官，那樣一來，桓溫軍隊不在身邊，想造反就沒那麽容易了！當下進封桓溫為丞相，想留他在京師輔政。