朱由檢到福建主要是為了檢查收複台灣的軍事準備情況，和朱由檢一同到達福建的還有分管國防部的第一副相袁崇煥，以及第五軍區司令員祖大壽。
第五軍區第一軍駐紮在福建，軍長左良玉，此次收複台灣的任務由左良玉的第一軍來執行。
左軍長在去年生了一場大病，在當地看了不少醫生都找不到病因，病情還在不斷惡化。最後轉運到京城，韋東臨從未來帶過來的醫療組會診後，找到了病因，對症下藥，很快就治好了。大病初愈，又在京城休養了兩個月。
身體完全恢複後，就投入到收複台灣的軍事準備活動中了。左良玉認為撿回了一條命，往後的日子都是賺回來的，幹勁十足。
收複台灣軍事會議召開。朱由檢、袁崇煥、祖大壽、左良玉和韋東臨參加。
1624年荷蘭東印度公司登陸台灣，拉開了殖民台灣的序幕。荷蘭在台南修了兩座城，分別是赤嵌城和台灣城，赤嵌城有軍隊400人。台灣城為荷蘭總督駐地，有1100人駐守，戰艦4艘，大小戰艦各2艘。
赤嵌城和台灣城都是棱堡。棱堡是要塞城堡，平民和軍人都生活在城堡裏。形狀像星星，城池的邊角是突出去的，可以實現沒有盲區、密集的火力輸出。進攻方進攻任何一個麵，都會麵臨2-3個方向的交叉火力射擊。
在黑火藥時代，棱堡是非常堅固的防禦堡壘。但到了無煙火藥時代，麵對射程更遠，威力更大、彈頭可以炸開的火炮，棱堡的防禦能力就顯得不足了。要塞堡壘逐漸被鋼筋水泥的碉堡群所取代。
真實曆史上，1661年3月，鄭成功率300餘艘戰艦，25000餘人從金門出發，開始收複台灣之戰。4月1日中午，成功登陸台灣島。隨即包圍赤嵌城，並派兵切斷了赤嵌城和台灣城的聯係。
荷蘭總督揆一收到赤嵌城的求救信息後，從水路派出戰艦，從陸路派出兩支共440名援軍試圖解圍赤嵌城，三路援軍都被鄭成功的部隊擊潰。