小茂所提出的石英聯盟大賽，就是關東地區一年一度舉辦的大規模、正規寶可夢對戰比賽！
地區各地訓練家將會齊聚一堂，參賽條件為年齡10歲以上的訓練家皆可參加，而兩人今年剛好滿足第一條件。
而第二條件就是打倒各地的寶可夢道館訓練家，從他們那裏得到齊滿8個以上、不同城鎮市的代表徽章…這是聯盟檢定訓練家實力的證明。
小智接受小茂的約定，決定帶著皮卡丘他們參加今年的大賽。
“不想了睡吧……我是不是忘記什麽事？你們知道些什麽嗎？”
“皮卡（可樂餅別跑啊～）”
“蚊香（大哥不要吃掉我的魚排！嗚嗚～）”
“哈哈…這兩個家夥睡得跟卡比獸一樣啊”
皮卡丘流著口水…蚊香蛙兩痕淚水…看到這無言的情況，小智知道問也是白問…但一見他們安然無恙的睡顏，內心的疑慮也一掃而空…小智不在想那些瑣事，就這樣帶著笑容慢慢進入睡夢之中——
同樣晚上10:00左右，這裏是大木研究所。
為設立在真新鎮鎮內的一家寶可夢研究所，由大木雪成博士所開設兼管理，每年都有許多年滿10歲的孩子過來領取他們的初始寶可夢。
“唉…”此時研究所內隻有博士一人站在哪裏唉聲歎氣？看著空無一物的初始禦三家收藏櫃。
“那個孩子為什麽要用偷的呢？”幾天前晚上，研究所遭到竊盜案，一隻裝有傑尼龜的精靈球被偷走…可這件事隻有博士他一人知道。
小偷的偷竊手法非常精煉、幾乎沒留下任何蛛絲馬跡，但還是被巡視中的博士察覺到異狀。
藏在研究室角落的博士，本來想當場抓住這名孩子…可沒想到小偷真身竟是他失蹤已久的友人的孩子！？
博士認識這名孩子，知道這孩子的本性，納悶為什麽會做出這種行為？在考慮一番後決定先放過這名孩子？博士繼續躲在角落，直到這名孩子離開後才走出來，這麽做、並不是博士私心使然…而是有一套完善計劃？