地表的戰況一度惡化，就連防守嚴密的臨城也遭到了入侵者密集的炮彈和巡航導彈的襲擊。炮彈雖未能實質傷害到臨城和城內居住的居民，卻嚇壞了所有人。針對此次襲擊，組織動用智能武器大軍橫掃了盤踞在科技會周圍管轄範圍方圓兩千平方公裏內所有敵方軍隊。一輪鐵拳打碎了入侵者的肋骨，打滅了敵營不可一世的囂張氣焰，自由軍聯盟的殘餘軍隊張皇逃跑，直到兩年後戰亂結束，也未敢踏入科技會管轄境內一次。
兩年的戰亂帶給地表廣大自由民的傷害可謂慘絕人寰，為了援助飽受戰亂折磨的自由民，科技會付出了沉重代價，大量科研項目陷入停滯，四分之三的人力都傾瀉在重建地表環境和恢複生產上。
反觀軍方，其不僅在戰亂中損失極小，還因施密特羅將軍等極端分子的不懈努力下，用軍火從自由軍聯盟手中獲得了大批珍貴資源。就在戰亂結束的一年後的某月，軍方一連向太空接連發射了三艘萬噸級寰宇飛船。由於這次寰宇飛船完全由軍方自主研發，軍方並沒有邀請科技會參與任一趟次的寰宇探索之旅。
為了在寰宇飛船研發工程上不落後於老對頭，工程研發部終於向總部提交了方舟計劃的一期設計藍圖。一艘能搭載十萬人級的小型方舟實驗艦於次年年底完工，實驗艦總重超過六十萬噸，由氫聚變作為動力源，申請首飛。經過慎重考慮後，高層批準了試飛計劃。
2138年1月1日，這天豔陽高照，空氣彌漫著幹燥的泥土與植被葉片被烤焦的芬芳。全部臨城的居民走上街頭，向不遠處的低穀翹首而盼。那裏是科技會總部的位置，今天將會進行一場壯觀的寰宇飛船升空儀式。
上午九點整，一艘組裝完畢的方舟實驗艦從地底超級工廠徐徐升起，這艘巨艦宛若山嶽，總長度超過三十千米，平均高度超過八百米。九點一刻，這架無人巨艦在人工智能的操控下點火升空，它緩緩加速，逐漸脫離地球引力，向著那浩瀚的宇宙飛去；整片大地都被這龐然巨物的漆黑巨影所覆蓋。巨艦遮天蔽日，在核聚變引擎的幫助下迅速上升，直至完全脫離大氣層後，又猛地加速，朝著無盡的寰宇全速飛去。