山中不知歲月長，風撫木葉染紅霜。
在犬塚樹全身心的投入修煉中時，木葉村接連發生了兩件大事。
第一件事，波風水門在第四代火影的競選中大獲全勝，並最終登上了火影的寶座。勞苦功高的三代目猿飛日斬卸任，成為了木葉第一位獲得退休待遇的老火影。在火影之位上，初代千手柱間在於宇智波斑大戰後死亡，千手扉間在二戰期間為掩護六名弟子，被金角銀角偷襲死亡。猿飛日斬這個第三代，能夠在火影位子上幹到退休，著實屬於幸事。
其實，猿飛日斬退位，也是有不得已的苦衷。在這次忍界大戰中，四大忍村對木葉發動了聯合攻擊，這在村子高層中引起了強烈的不滿，對猿飛日斬的對外政策頗有微詞。再加上連年大戰損失慘重，木葉村裏麵的悲傷情緒也在不知不覺中蔓延。
為了提振村民的士氣，也為了給木葉掀開新的篇章，年齡更年輕、潛力更大且在三戰中獲得“金色閃光”無敵之名的波風水門，就成了開創木葉戰後新局麵的最佳火影人選。波風水門是三代的徒孫輩，彼此之間一直以來關係密切，三代的一些重要政策也可以得到良好的延續。猿飛日斬對此自然心知肚明，所以很爽快的主動退位頤養天年。
第二件事，那就是木葉三忍之一的大蛇丸，突然叛逃了。當然，蛇叔的出走，可以視為水門就任四代火影的後遺症之一。畢竟作為上一代中的佼佼者，卻要屈尊在波風水門之下，這對於心高氣傲的大蛇丸來說，是絕對難以接受的事情。
另一方麵，則是大蛇丸通過團藏得到了一些風聲，新火影上台後，暗部將會突襲檢查他的地下實驗室。而他的實驗室裏，有絕對不能曝光的禁忌存在。所以，大蛇丸趁夜遁走，也就成了意料之外卻又意料之中的事情。
所以，當老火影帶著暗部來到大蛇丸的秘密實驗室時，看到的隻是有滿地狼藉。但基地內部的人類活體培養皿，一些殘缺不全的試驗記錄，都證明了大蛇丸進行違禁人體實驗的真實性。