德川軍已然橫掃朝鮮，朝鮮國差不多已是亡國了。毛文龍殘部在後金和德川軍的夾擊下，幾乎都死了，隨著最後的陣地皮島失陷，活著的人四處投奔，大都投往孫承宗或是登萊方向節製袁崇煥的陣營。
參將孔有德因為過去是毛文龍部將，收容了數千遼東兵，集合了所擁有的精良大炮，成了一支精兵。
茅元儀卻開始有些鬱鬱不得誌，因為和許三寶的關係而備受京城排擠，寫來信件充滿唏噓。但是孫承宗依舊對他十分倚重，茅元儀在覺華島上造兵船三千艘，成了堅不可摧的糧倉，並鑄造了大量先進火器。
同時王在晉被趕到南京之後，孫承宗和袁崇煥終於建立了以山海關、寧遠、錦州為連鎖的鐵打防線，後金皇太極多次攻擊，均在精良的火炮麵前大敗而回。
而德川幕府忙著安定朝鮮國的統治，既然與大明停戰，便確實沒有滋擾過商船和福建沿海。但是朝廷的禁海令卻在福建、兩廣掀起了軒然大波。
大明對於海疆沒有特別強的概念，不損失陸地就好了，因此平遼是大事，但是禁海在明朝已經有好幾次了，名義上是為了安定民心，鞏固海防。但是每一次海禁，都會包括兩件事，一是嚴禁下海浦魚，二是嚴禁私人造船、買賣船舶、經營買賣番貨。
這一次禁海更是嚴厲得令人發指。所有對外貿易都要經過“會同館”，由禮部提督會同館，直接負責番貿。而廣州、泉州、杭州等地便是一概通過“南京會同館”來由南京禮部統一管理。
這個製度始於洪武年間，來天朝進貢的各國使者可以攜帶一部分特產品，在會同館驛旁邊的“烏蠻驛”進行銷售，稱為“烏蠻市”。後來統一並入會同館，有北館六所，南館三所。
這一來，沿海漁民、海商一起麵臨饑餓致死的境地，海商紛紛鋌而走險，以身試法。禁海嚴重的地方，數以十萬計的漁民成了饑民，湧入內地行乞。海商盜匪橫行，竟出現了大量“偽寇”，冒充倭寇搶劫。