泰倫滅絕之後的第五百個年頭，密切監視著地麵情況的幾個殘存叛軍基地忽然同時檢測到了地麵上有不同往常的活動跡象，經過偵查後他們發現了相當詭異的一幕——一群有機智慧物種開始在地麵上繁衍生息，這些生命跟曾幾何時的克隆幾乎沒差別，捕獲之後的解剖結果也證實他們就是被高速孵化出來第二代克隆。這個所謂的第二代隻是年代上的意義完全沒有任何改進，還是那些基因原體還是那些適應化改造的基因痕跡，隻是這些新克隆失去了本該由培養艙進行灌輸的科學知識。他們就像剛從靈長動物進化成智慧生命的人類祖先那樣以部落形式分散生活在歐洲大陸的各個角落，而本來打贏了這場內戰的塞伯利安議會軍卻仿佛一夜之間全麵從地表消失，隻有部分沒有被拆毀的廢棄基地和高懸天上的偉大奇跡係統還能證明這些戰勝者曾經確實存在過。
究竟發生了什麽？沒有一個叛軍能搞清楚。他們最初將此視為塞伯利安人用以引誘他們的陷阱避免和任何第二代克隆進行接觸，可是隨著時光流逝他們發現無論自己如何動作也不會得到塞伯利安人的任何反饋，隻有那些第二代克隆像被放養在大草原上的兔子一樣在地麵上肆意繁殖。
時間一晃又過了幾百個年頭，生存在地麵上的第二代克隆已經從一群原始猴子演化成了具有國家體係和自身語言的新文明，得益於俯拾即是的泰倫和塞伯利安遺跡新文明的科技發展進步非常之快，短短幾百年他們就做到了舊人類曾經用成千上萬年才做到的科技積累。這時候叛軍的警戒心也已經被漫長的空等給消磨殆盡，當他們下定決心拿出勇氣來跟地麵上的第二代克隆進行接觸時赫然發現自己麵對的已經是一個用有早期工業時代科技水平和數千萬人口的種族，這個新種族甚至在曾經是塞伯利安發源地的亞洲大陸建立了一個殖民國家。