藥王穀並不簡單隻是一座隱世山穀而已，而是指代整整三座山頭，三山由低到高，依次排列，井然有序，山腳下環繞著一條水域寬廣，水流平緩的大江，來往之人，多是由水路碼頭上山，前山山腳下還有一座小鎮，得益於藥王穀的庇護，人口興盛，不過本地人習武的極少，如若不是醫師，便是靠給藥王穀提供藥材或打漁為生。
這第一山名為千金峰，卻不是說來求藥之人須取千金才可治病，而是源於藥王爺早年的一句話，“人命至重，有貴千金，一方濟之，德逾於此”，故而千金峰之名，實為敲打門下弟子，謹守醫者仁心，不因以貴賤而區分病人，無論是誰，平民百姓也好，皇親國戚也罷，但凡來求藥的，都須盡心竭力地醫治。
這山勢最緩，可占地最大的千金峰，也是供來往的客人們落腳之地，那些在傷愈之後或為報恩，或是厭倦了江湖爭鬥而願意主動留在藥王穀隱居的武人們，也都是居住於此，結茅修行。
這第二山名為精誠峰，指的是世間學醫之人須做到的德行，山腳處有一高大石碑，曾由那位藥王爺親手刻下了“大醫精誠”四字，故此而得名。
藥王爺早年曾著書曰，“凡大醫治病，必當安神定誌，無欲無求，先發大慈惻隱之心，誓願普救含靈之苦。若有疾厄來求救者，不得問其貴賤貧富，長幼妍媸，怨親善友，華夷愚智，普同一等，皆如至親之想，亦不得瞻前顧後，自慮吉凶，護惜身命。見彼苦惱，若己有之，深心淒愴，勿避險巇、晝夜、寒暑、饑渴、疲勞，一心赴救，無作功夫形跡之心”，
精誠峰上遍布了三十六座醫館，是為藥王穀門下弟子醫治病人所在，重傷跳溪，順流而下，在被人撈起後，送來藥王穀的李輕塵便在此暫住。
最後一山，亦是三山之中山勢最為陡峭崎嶇的一座，名為百草峰，此名是為了紀念上古神農氏不忍見人族受病疾所害，甘願嚐百草而死，也為歌頌其開醫家之先河，定醫師之基調，庇佑人族繁衍生息的無上功勞，藥王爺此舉，既是為了鞭策自己不忘初心，同時也是為了時刻提醒門下弟子，將來也要如那神農氏一般，不畏險阻，勇於嚐試，為後世人族探索那永無止境的醫道，造福蒼生。