第二年開春，大明朝按照節奏平穩開展內部建設，除了福建沿海戰旗蔽天之外，其他的一切如常。
內耗了一年的清朝，政局也穩定了下來，新任命索尼為議政大臣、總管內務府，蘇克薩哈為領侍衛內大臣，遏必隆授一等公、內大臣，鼇拜授一等公、議政大臣。四人均是一等公，協助皇帝處理政務。
此時的草原上也陷入平靜，因為在葛爾丹西北邊的哈薩克汗國和西南的和碩特汗國與準格爾部起了摩擦，所以他不得不帶兵西歸。
西歸後的葛爾丹率騎進攻哈薩克的頭克汗，頭克汗用計誘葛爾丹軍入城，待雪夜哈薩克援軍一到，內外夾擊，準噶爾騎兵猝不及防，馬匹陷入雪坑，死傷過半。葛爾丹第一次西征失利，但是這次失敗，並沒有影響葛爾丹大軍的銳氣，不久，葛爾丹再發兵，攻下塔什幹、賽裏木等城市，準噶爾騎兵一直西進占領了費爾幹納，至此西征取得大勝。
接著為了實現統一蒙古的夙願，葛爾丹又率領大軍南下攻占了和碩特汗國（包括青海、西藏），葛爾丹也將牙帳設在了伊犁。
這一時期的葛爾丹為了防備清軍，多次派使者到沙俄，希望沙俄能夠牽製清軍，而沙俄也為了通過葛爾丹，加強在我國西北和東北地區，積極派使者與葛爾丹聯絡。
在這期間清朝由於要恢複元氣，並沒有主動發起過大的邊境戰爭，明朝則在福建沿海囤積大軍，發起了收台之戰。第二艘鐵甲戰船也按計劃提前入列，命名為威遠號，編入福建水軍，歸鄭成功指揮。
威遠號的噸位雖然沒有達到振興號的兩倍，但是作戰能力是振興號的兩倍以上，所以最初製定的平台方案被改變，海戰由施琅指揮振興號、威遠號進行，對台灣島海域南北實施海禁，陸戰則按之前的計劃由鄭成功率領海軍陸戰隊進行，從台中、台南兩處登陸，逐漸收複整個台灣。