海瑞曾經這樣評價張居正“工於謀國，拙於謀身”。從這句話中就可以看出，一代首輔張居正也有道德上的一些缺陷。
當時的明朝貪腐之風非常嚴重，在風氣敗壞的情況下，張居正也難免受一些影響。但是相比之下，他還算得上比較理智、清醒的官員。
在他接任首輔的前四年，他一直提倡廉政。隆慶二年（1568年），在他比較有名的《陳六事疏》中，提出了“吏治不清、貪官為害”等問題。在他正式主政之後，嚴厲地整頓了朝中的貪腐之風，而且也懲治過一些貪官汙吏。比如遼王朱憲煒案和雲南黔國公沐朝弼案。
當時，張居正在廉政方麵做得也非常好，而且在他執政之後表示過自己“私宅不見一客，非公事不通私書”。也就是說，他直接就不給別人賄賂他的機會。但是畢竟他是朝中權力最大的人，即使他這樣宣稱，仍然有很多官員想賄賂他，從而依附在他的羽翼下。
但是，那個時候凡是向他行賄的人通通被他當麵拒絕了。例如有一次，兩廣當地的官員曾經向他行賄了數十次，而且賄賂的黃金數萬兩，每次張居正都下令退回去，但是接著又被送回來。無奈之下，張居正寫信給兩廣巡撫劉凝齋，責令他立即停止這樣的行為。張居正在信中這樣道：“現在朝廷官吏都有很廣泛的交際，而且肯定花費也不少。這些珍貴的物品，如果不是從百姓身上搜刮而來，那是從哪裏得到的呢？如果我昧了良心收下這些東西，那麽這就是‘以肉驅蠅蠅愈至’。”在當時腐敗的風氣中，能說出這樣的話非常不容易，張居正身居高位能夠以身作則，其精神值得肯定。
雖然張居正非常清廉，但是他的家人就沒有那麽好的控製能力。隆慶三年（1569年），遼王朱憲煒被罷黜，奢華無比的遼王府最終卻是在張家沒有出任何錢的情況下給了張家。