按照當時的科舉製度，考中舉人後還會有一次會試（鄉試相當於現在的高考，會試相當於現在的研究生考試），進而考取進士。會試的最高級別稱為殿試，殿試一旦過關，那麽就會成為進士。
當時，十七歲的張居正在中舉之後也接到了會試的考試通知。大家萬萬沒有想到，張居正卻沒有參加這次考試。任何史料都沒有記載張居正缺考的原因。在當時來看，會試是三年才舉行一次的大考，即使沒有把握的學子也不會放棄這次機會，這次機會十分難得，學子們紛紛幻想也許某位官員會看上自己的文章，而自己也會由此一步登天。
在張居正二十歲的時候，他有了第二次參加會試的機會。他刻苦研讀，立誌一定要考中。嘉靖二十三年（1544年）甲辰，會考正式開始，張居正自信滿滿地進入了考場。
日子一天天過去，會考成績終於放榜了，張居正反複看了多遍，最終他才確認自己再一次落榜了。這次會試不是顧的有意考驗，是自己真真正正地落榜了。張居正第一次產生了挫敗感。
後來，張居正在寫給兒子的一封信中表達了對這次落榜的感悟。他在信中這樣寫道：“棄其本業，而馳騖古典……甲辰下第。”這段話的意思是說，因為年輕時自己輕易地考中了秀才、舉人，所以變得驕傲，認為考取進士也是不費吹灰之力的事，於是自己放鬆了對學業的鑽研，尤其是放鬆了科舉考試的本業——四書五經的鑽研，變得心不在焉。在當時，科舉考試主要考查的是文章的寫法，而那時的張居正將所有心思都放在對漢代政論文中的治國之道的研究上，因此對考試的重點就疏於研究，導致了落榜。
張居正雖然在落榜後心中曾出現過挫敗感，但是他並沒有就此放棄，而是在找出原因後開始心無雜念的研究四書五經，為下一次的考試作充足的準備。