兩年的期限過去了，事實證明，醫生的預言失效了，霍金仍然頑強地活著，病情的惡化程度也漸漸緩慢下來，他的生命戰勝了命運。
霍金的妻子簡·懷爾德在自傳《飛向極限》中寫到霍金當時的情況：
“18個月前，按照醫生的判斷，霍金存活的概率是微乎其微的，但是他勝過了悲觀的預言，他不僅活了下來，而且還回到了科學研究的第一線，為一個深奧的假設建立理論：在顛倒的宇宙中，想象的粒子是如何在虛時間裏運動的。這個宇宙並不真實存在，它隻存在於理論物理學家的頭腦中。”
但是，霍金雖然在預言的兩年之後活了下來，身體狀況卻還是在惡化當中。到了60年代後期，病情的惡化程度嚴重了起來，隨時要麵臨生命危險。二十幾歲的年紀，正是追尋夢想的時候，然而霍金卻被死神籠罩著，無可奈何地等待著將要到來的死亡，這是非常痛苦的事情。
麵對霍金的不治之症，最為痛心的莫過於霍金的父母弗蘭克和伊莎貝爾了。弗蘭克作為資深的醫學學者，為了霍金的病症，一直以來都在盡力研究ALS，雖然沒有什麽明確的進展，但是總有一些延緩和抑製的結果——他研究出了一種用維生素和類膽固醇調配而成的藥方，用來延緩病情惡化的速度。霍金也相信父親可以醫好他的病，所以也一直在堅持服藥，直到1968年霍金26歲的時候，父親去世。
霍金的肌肉在一點一點萎縮，語言能力也在逐漸喪失，通常他的家人或者密友才能聽懂他的話，他和外人交流一般是需要翻譯的。霍金也漸漸失去了寫字能力，於是他就發明了一種代替的視覺性方法，在腦海中形成不同的心智圖案和心智方程，然後用這些元素在心中思考物理問題。這樣的思考過程，被物理學者維爾納·以色列譽為：有如莫紮特，隻憑借想象就寫出一整首極具特色的交響樂曲。