1996年8月，普京受朋友邀請前往莫斯科謀求出路，隨後他得到了總統事務局副局長的職位，並從此開始了順暢的仕途之路。
1999年，普京被葉利欽任命為聯邦安全局局長，真正進入了權力核心。普京掌控之下的聯邦安全局是打擊政敵的主要力量，同時也負責維持社會和政府機構的穩定。2000年1月，普京就任俄羅斯代總統一職後，告誡身邊的政客：“以前，我們都認為自己在政治上沒有敵人，最後我們為此付出了沉重代價！”普京的很多同僚都認同他的觀點：“國外勢力，通常都是通過國內持不同政見的勢力，來製造混亂，削弱我國的整體實力。”
由於普京剛剛接手國家最高權力，因此他首先要做的就是恢複國家經濟局勢的正常運行，並鞏固俄羅斯在國際上的政治地位，降低其他勢力在國內的影響力，其中最主要的就是清除政敵們的影響力。這項工作是普京在聯邦安全局同僚們的幫助下完成的。
屢屢跟普京政府對抗的兩大寡頭別列佐夫斯基和古辛斯基都被普京趕出了俄羅斯，他們名下的多項產業均被收歸國有。而在俄羅斯一手遮天的另一寡頭霍多爾科夫斯基比較頑固，他不顧俄羅斯政府的一再警告，依然我行我素地與普京政府作對，並且拒絕離開俄羅斯。最後，俄羅斯當局將其逮捕，霍多爾科夫斯基被判刑入獄。
為了鞏固自己的政治地位，普京采取各種方式大力打擊自己的政敵，比如，他親自任命眾多具備一定自主權力的特使，清除那些“不守規矩”的地方官員，讓他們直接失去了灰色收入以及一些無形權力。
在普京看來，那些討好西方國家的人和反對自己政治意向的人是國家的敵人。因此，普京對這些人從不手軟，而且聯邦安全局也從未向任何敵人妥協過。持有自由思想、受到西方國家讚助並認為西方價值的利遠大於弊的團體組織或個人，被普京列入了國家敵人的行列。