在強勢的攝政母後麵前，遼聖宗的婚姻大事自然亦就由蕭太後做主了。
統和四年（986年）九月，年方十六歲的遼聖宗娶皇後蕭氏，皇太妃以下的諸內、外命婦皆進獻會親禮物。由於此蕭皇後日後被廢黜，而《遼史·後妃傳》亦未為其立傳，所以其身世背景完全不明。統和七年（989年）二月，皇子佛寶奴出生。對此皇子的情況，《遼史》中沒有更多記載，《遼史·皇子表》內載遼聖宗諸子中，有一子名別古特，未載其母為誰，或許即為此皇子。別古特字撒懶，性明敏，善於騎射。太平七年（1027年）任彰信軍節度使，為王子郎君班詳穩，遼興宗初年升任契丹行宮都部署，重熙十七年（1048年）拜柳城郡王。十九年（1050年）遼軍征討西夏，別古特出任監軍，不久班師，卒。此蕭皇後另生有一女，名燕哥，被封為隨國公主，進封秦國公主，遼興宗時封為宋國長公主，嫁蕭匹裏（即蕭匹敵，蕭太後之外孫、秦晉國大長公主之子），所生女兒嫁給遼興宗。此蕭皇後於統和十九年（1001年）三月被降為貴妃，其罪名不明。但從遼聖宗隨後娶韓德讓之外甥女為皇後，而韓德讓也被蕭太後賜名曰德昌等情況來看，此蕭皇後被降為貴妃，實是為韓德讓的外甥女騰出皇後之位。此舉開了一個很不好的先例，此後遼朝諸帝屢屢發生貶降皇後甚至殺害皇後之事。蕭貴妃此後事跡不詳。按《遼史·聖宗本紀》載開泰六年（1017年）六月，德妃蕭氏賜死，葬於兔兒山西；此後數日，大風起墳塚之上，白晝如夜，大作雷電而雨下不止者逾月。這是為古代史官在敘述冤獄時的習慣寫法，即德妃之被賜死實有冤情。此德妃蕭氏的事跡不見其他文字記載，或許蕭貴妃此後又被貶降為德妃。
遼聖宗第二位皇後的小名叫菩薩哥，是蕭太後之弟蕭隗因之女，也是大丞相韓德讓的外甥女。她生於統和元年（983年），十二歲時因貌美而有才華，被選入後宮。統和十九年（1001年）五月，菩薩哥如願被冊為皇後，號齊天皇後。是年她十九歲。齊天皇後生有皇子二人，但皆夭亡，此可能與她進宮年歲過幼有很大的關係。此後齊天皇後取宮女蕭氏所生之子耶律宗真（即遼興宗）養以為子。