光緒二十五年十二月二十四日（1900年1月24日），清廷正式宣布封端郡王載漪之子溥儁為大阿哥（皇太子），繼承穆宗毅皇帝（同治）為子。光緒的皇位基本上是名存實亡。
身為朝廷重臣，孫家鼐從慈禧的做派和親貴的人品學問中，已經看出了清朝政府的腐朽和沒落，意識到其滅亡是不可避免的（高陽語）。但是，由於多年受忠君報國思想的禁錮，他仍冀希望於光緒皇帝早日親政，以力挽狂瀾，實現中華民族的偉大複興。知子莫如父，知徒莫如師。他從光緒皇帝的品德、學問、能力等方麵綜合考慮，深信隻要假以時日，光緒皇帝肯定能大有作為。可是，他前腳離開京城，後腳就傳來溥儁被立為大阿哥的壞消息。此後，孫家鼐一直擔憂著光緒皇帝的生命安危。在孫家花園，每逢初一、十五，他都要在弟子們的參扶下，爬上八公山白塔寺，遙望北方，為光緒皇帝燒香祈福。
孫家鼐隱居八公山，各地的朋友也很想念他，時常鴻雁傳書，向他問好。一天，他接到一個遠方朋友的來信，深情地回了一首《致友人》：
一隔平山十四秋，尺箋展讀思悠悠；
我因疾病辭微祿，君為貧軀動遠遊。
三晉關河縈客夢，八公草木起鄉愁；
明年京兆槐黃日，戴爾蓬贏家上頭。
1900年春夏之交，又不時傳來了義和團在山東、天津、北京等地聚義鬧事的消息。義和團運動像火山一樣，是中國百姓對列強侵華行徑憤怒的總爆發，但是，因為義氣用事，缺乏理智，不講策略，肆意滋事，盲目排外，這樣做，不但不能抵禦外悔，反而授人以柄，把戰火引了進來。為此，孫家鼐憂心忡忡，更加牽掛光緒皇帝的安危。老友月莊先生專程到孫家花園來看他，談到內憂外患的時局，孫家鼐唏噓不已，眼淚汪汪。月莊先生在孫家花園住了幾天。臨離別時，孫家鼐送了他一副對聯，作為紀念：