對於光緒皇帝急於求成的蠻幹行為，孫家鼐憂心忡忡，他向光緒皇帝提出了自己的看法：“變法自強，宜統籌全局，分別輕重緩急，謀定後動。比如人患痿痹之症，宜審周身脈絡，次第施治，自能日起有功。否則，急求愈病，藥餌雜投，病未去而元氣傷，非醫之良者。”“蓋日本之變法也，沈機默運，豫籌於數年之前，先得人而後行法，故其成功也易。中國急求變法，而乏行法之人，故臨事不免周章。現在興辦學堂，正如七年之病三年蓄艾，但期事事實力講求，於能獲效。”但光緒皇帝在康梁等人“小變則小效，大變則大效”的激進理論鼓吹下，就像一匹高速奔跑的烈馬，已聽不進任何逆耳忠言，更不可能放慢腳步。孫家鼐深感無奈，他覺得自己能夠做到的，隻有抓緊時間早日把京師大學堂建起來，為維新樹立一個榜樣，以實際行動支持光緒皇帝的維新大業。
但是，朝臣中，仍有不少人對京師大學堂的工作提出各種批評，有的是出於關心，更多的是求全責備。流言蜚語，鼓噪一時，企圖把“天字第一號”工程扼殺在搖籃裏。對此，孫家鼐總是本著兼聽則明、實事求是的態度，沉著應對，一次次化險為夷。七月十八日（9月3日），給事中龐鴻書就對京師大學堂如何進行經學教學提出了指責。光緒皇帝降旨，讓孫家鼐對其所“條陳大學堂章程等語”、“酌核具奏”，再複奏。孫家鼐明確表示不同意龐鴻書的意見：
臣維學堂之設，所以造就群才，以溥通之學為初基，以專門之學為進境，創始規模必求詳備。
該給事中原奏所稱，經學一種，諸生往往皓首而不能窮。現在學堂所擬功課，《四書》用集注本，《五經》遵用欽定義疏本，切要詳明，易於卒業，不必以皓首難窮為慮。
該給事中原奏又稱，凡諸生已熟讀《四書》、《五經》者，方準收入學堂，庶幾略有限製。經學隻須溫習，不必另立一門。臣將來開辦學堂收考章程，自當以熟讀群經者為上，專通數經及一經者次之。至溥通功課，臣已奏請刪並理學歸入經學，刪去諸子文學歸入各門，業已刪繁就簡，無可再減。⑸