馮異率軍尚未到達恂邑城時，隗囂乘勝派大將王元、行巡率二萬人馬下隴，進攻三輔，因分造行巡取恂邑。馮異聽了這個消息下令加速行軍，準備搶先占據恂邑城。
馮部諸將都認為，“虜兵盛而新乘勝，不可與爭；宜止軍便地，徐思方略”。馮異解釋說：“虜兵臨境，扭夥小利，遂欲深入。若得恂邑，三輔動搖，是吾憂也。夫‘攻者不足，守者有餘’。今先據城，以逸待勞，非所以爭也。”諸將的意思是說，敵兵乘勝而來，勢頭正盛，不可與它正麵交鋒；應該停軍在方便的地方，慢慢考慮對策。
馮異所言大意是，隗囂軍雖然獲得一點兒小勝便因此不知天高地厚，還想深入再占便宜；如果敵軍占有恂邑，整個三輔就會動搖，這些是我所擔憂的：《孫子兵法》說進攻的總是不足，防守的總是有餘；現在我們先占據城池，這樣就能夠以逸待勞，這就是非爭不可的原因。馮異軍“潛往閉城，偃旗鼓”。行巡不知，率軍匆匆趕來。“異乘其不意，卒擊鼓建旗而出；巡軍驚亂奔走，追擊數十裏，大破之”。與此同時，祭遵也在浙打敗王元軍。“於是北地諸豪長耿定等，悉畔隗囂降”。
馮異上書向劉秀匯報此戰情況，言辭謹慎，不敢自代其功。馮異同僚中有人“欲分其功”,以致搞得劉秀都感到擔心。
不得已，劉秀下了一道璽書：“製詔大司馬，虎牙、建威、漢忠、捕虜、武威將軍：虜兵猥下，三輔驚恐。恂邑危亡，在於旦夕。北地營保，按兵觀望。今偏城獲全，虜兵挫折，使耿定之屬，複念君臣之義。征西功若丘山，猶自以為不足。孟之反奔而殿，亦何異哉?今遣大中大夫賜征西吏士死傷者醫藥、棺斂，大司馬已下親吊死問疾，以崇謙讓。”其大意說，這次恂邑城轉危為安，並使敵人受到重創，耿定等投降，征西將軍馮異功大如山，但他自己仍以為不足，這和曆史上的魯國大夫孟之反不自代其功，又有什麽不同呢?現在派遣太中大夫賜予馮將軍所部死傷吏士棺木、醫藥，令大司馬以下官吏親往吊死問疾，以表示對謙讓品德的崇尚。這樣一來，那些“欲分其功”的人隻好偃旗息鼓了。接著，劉秀令馮異進軍義渠(今甘肅合水西),並代理北地太守。這時，青山胡率萬餘人投降；又擊破盧芳將賈覽、匈奴奠鞬日逐王，上郡、安定皆降，馮異複代理安定太守。劉秀軍取得一連串勝利後，形勢在這個時候發生了明顯變化，隗囂初戰告捷後咄咄逼人的氣勢不再有了。