自平叛戰爭伊始，康熙皇帝就有招撫叛賊之意。王輔臣叛降吳三桂，康熙皇帝曾連降專敕招撫。但初期軍事上不能造成壓倒敵人的優勢，招撫難以奏效。後王輔臣被圍困於平涼、固原一隅，主動乞降，康熙初疑為緩兵之計，不予接納，雙方僵持將近一年，後見強攻不下，轉而采取“剿撫並用”策略，收到良好效果，平涼一帶，旬月綏平。此後，康熙將“剿撫並用”策略迅速推廣於各個戰場，令對叛變者，隻要有悔罪輸誠之心，均可容納。
繼陝西之後，康熙將下一個剿撫重點定在福建。他一向認為耿精忠與吳三桂不同，係一時無知，落入他人奸計。因此，在對吳三桂在京的子孫正法的同時，則對耿精忠諸弟照舊寬容，所屬官兵亦未加罪。而且，早在耿精忠叛亂不久，康熙皇帝就派遣工部郎中周襄緒偕精忠護衛陳嘉猷赴閩，帶去其招安諭旨。後來雖然派出大將軍康親王傑書至浙閩前線，加強軍事進攻，仍不忘經常遣人前往招撫。
康熙十五年(1676)六月，因鄭經已占據原屬耿精忠管轄的漳州、泉州等七府，鑒於耿、鄭矛盾尖銳，加以耿軍內部軍餉匱乏，軍士逃亡，百姓不滿，困難很大，耿精忠被迫後撤建昌府新城(今江西黎川)等地的軍隊。清軍乘機於同年八月二十日攻克仙霞嶺，進占浦城縣，平閩大局已定。康熙為盡快解決福建問題，諭令康親王說服耿精忠早日歸降。同年九月，康親王大軍收複建寧(今福建建甌)、延平(今福建南平)等府，耿精忠無力再戰，派其子耿顯祚赴延平迎康親王軍隊至福建。同年十月初四，康親王至福建時，耿精忠率文武官員出城相迎。康熙皇帝命耿精忠仍留靖南王爵，率領所屬官兵隨大軍征剿海逆，圖功贖罪。此後，清軍又在居鄉守製的侍讀學士李光地協助下擊敗進犯泉州的鄭經軍。各地叛軍紛紛投誠，福建、浙江相繼平定。