從當前劇情說起。
江龍天試名結束後，雲默在一個晚上，進行了虛真試名碑的留名，成功到達石碑石頂，不過他並沒有留下他的名字，他名字落下後就被碑頂的一塊玉石給吸收，同時那塊玉石還被雲默給拿走，借此，雲默破開了星河大陸封禁大陣的一個陣眼，提前促使了星河大陸修真大劫的到來。
當然，雲默對於這一切並不知情。
接下來，因為感受到了封禁大陣的陣眼被破，五聖學宮的五大至高大聖（全部是半仙修為，隻差一步即可渡劫飛升成就真仙）提前開啟了五行靈域的入口，雲默被趕鴨子上架，直接進入了五行靈域，並在裏麵救下了洛丹秋的師姐林溪音。
雲默和林溪音機緣巧合之下相遇，那時的林溪音被人打成重傷，無奈之下，雲默隻能帶著對方奔逃，並由此兩人在生死危機之下產生了情愫。
為了幫林溪音報仇，雲默得罪了南妖洲來自南妖洲第一修真城的大勢力太玄天門和南妖洲的四大七星宗門，在五行靈域的平原中以一戰十，並斬殺了其核心大弟子玄動天的一個分身，從其身上他獲得了玄黃五行氣的下落，並在林溪音的幫助下，成功收取了玄黃五行氣，並成功突破到神合修為，兩人也就此分別。
跟著，雲默遇到了林青，幫助他找到了他父親的遺體，並成功收取了玄蘊火，將其丟給青蓮淨世火吞噬，將青蓮淨世火升級到了七級。
而後，封銓和他的兩個隊友找上了雲默，四人深入到了五行靈域的深處，見到了先天靈寶，造化鼎。
封銓也徹底撕開偽裝，暴露出玄鼎的真實修為，在殺死兩個隊友之後，將雲默逼入了造化鼎的領域之中，企圖逼迫雲默獻祭自身助他收取造化鼎，好在雲默依靠玄方印，將造化鼎壓製，借此轟殺了封銓。
至此，五行靈域副本結束。