《戰蒼穹》的劇本是由知名編劇麒麟刀曆時三年寫成，故事背影設定在抗日戰爭時期。男主角是黃埔軍校的畢業生，齊家毅起初是國民黨軍隊的軍官，後來因為派係之爭受到了排擠，在幾次大大小小的戰役中，屢屢敗退，無法完成上級交代的任務，被降職，受到處分。在他想方設法想要洗清自己共黨嫌疑的時候，卻因為一個誤會，被土匪綁上了山。
這個土匪大當家，就是男二號，段琮。
段琮不像是普通落草為寇的農民，那個年代，過不下去日子的百姓太多，不管是讀書人還是種地的，為了生存下去，會當土匪都不奇怪。但有文化的土匪就比較可怕了，因為他們會利用自己的學識，分析局勢，拉幫結派，甚至和當地的武裝力量勾結，魚肉其他更窮苦的百姓。
不過段琮是個有原則、有誌向的土匪，也匪的比較有性格。他綁架了齊家毅，是因為聽說他們家裏藏著幾千條槍，打算“請”他上山商量商量。又聽說他糟蹋了一個女大學生（女主角），為了打抱不平，打算為民除害。
齊家毅被綁架後，利用智慧從段琮口裏套出了事情的真相，自動提出願意幫他們一起做陷阱打鬼子，並要求找到那個女大學生，麵對麵對質，證明他的清白。段琮見他是個人物，半信半疑的答應了，卻沒想到兩人在打仗的戰略思想上不謀而合，很是投契。
半個月的時間下來，兩人惺惺相惜，倒成了肝膽相照的兄弟。
然而不久，齊家毅家中遭逢大難，日本軍隊不知道從哪裏得到消息，說在那裏發現了一夥共黨，於是派出一支精銳小隊，夜襲了齊家村。村子裏一百多口人，一個活口都沒留下。齊家毅痛不欲生，發誓要殺光鬼子，為家人和村民報仇雪恨！段琮害怕他衝動做出傻事，自願和他一起潛伏進入縣城。