康熙皇帝在位期間，許多政事都很順利，隻是太子的事把他弄得焦頭爛額。他愧恨交加，所以第一次廢胤禍時得了場大病。再黜太子時，他雖說是在談笑間處理了事，實際怎能不在意，不傷心，不得病呢?康熙五十四年(1715)十月，康熙說他因病右手不能寫字；康熙五十六年(1717),他說自廢胤仍起， “過傷心神，(身體)漸不及往時”。以前經常率領皇子射箭習武，這年秋天身體不好，隻能參觀射擊了。到了冬天，心神恍惚，頭暈，大病起來，開始行動讓人扶持，後來腿腫得下不了地。康熙麵對現實，不忌諱死亡，在遺言中說： “三代之事，不可全信，然自秦以來，一千九百六十餘年，稱帝而有年號的二百十一人中，我有幸在位時間最長，已經滿足了。”《尚書·洪範》載“五福”,其五曰“考終命”,這是很難得的，特別是帝王，事務殷繁，不能息肩，故而享年不永。不諱辭世，是他身體不支的反映。康熙五十七年(1718)二月，康熙說他稍微早起，就“手顫頭搖，觀瞻不雅；或遇心跳之時，容顏頓改”。過了這年春天，他的身體有所好轉，此後又照常出宮打獵，但總的情形是年老，衰弱多病。
康熙的死，據《清聖祖實錄》載，他於康熙六十一年(1722)十月二十一日往南苑打獵，十一月初七日身體欠安，回到暢春園，初九日因身體有病，命胤祺代行南郊冬至祭天大禮，初十至十二日，胤祺每日派遣護衛，太監至暢春園問安，都傳諭“朕體稍愈”。十三日病情沉重，急召胤祺於齋所，戌刻(19～21時)死於寢宮。
康熙六十一年(1722)十一月十三日，康熙結束了他輝煌的一生，享年六十九歲，以平定三藩，統一台灣，掃清漠北，穩定西藏，實行滋生人丁永不加賦，修治黃河等業績載入史冊。這位一代明主可以蓋棺論定了。但是他的死因，他的傳位遺詔卻是眾說紛紜，久而不定的公案。