作為皇子時的雍正，身體很好。他在位的頭六年，對自己的健康情況，多次表示滿意。他在鄂爾泰雍正五年(1727)正月二十五日請安折上朱批告訴這位寵臣： “朕躬甚好，自去冬以來，外緣順序，身體更覺好”。在高其倬同年二月初十日請安折上做了大致相同的批語： “朕躬甚安，自入春以來，頗覺諸凡順適，總皆仰賴上蒼、聖祖之祐庇耳”。到雍正七年(1729)四月十五日的請安折上，雍正又批示： “朕躬甚安好，今歲飲食肌肉更覺增長健旺”。現有資料表明，在七年夏天以前，雍正的身體健康狀況的確很好，也才支持了他從事日理萬機的政務活動。
自雍正七年冬天起，雍正經曆了一場大病，險些歸西。他對這次生病在八年五月做過一個說明： “朕自去年冬即稍覺違和，疏忽未曾調治，自今年二月以來，間日時發寒熱，往來飲食，不似平時，夜間不能熟寢，始此者兩月有餘矣。及五月初四日怡親王事出，朕親臨其喪，發抒哀痛之情，次日留心試察，覺體中從前不適之狀，一一解退，今日漸次如常矣。”雍正在這裏說他的痊愈是哀痛造成的，悲痛隻能使病人添病，怎麽倒好了呢?顯然不合事實。果然，一年後孝敬皇後死，他因不能親視入殮，於是說了他一年多來的病情： “自上年以來，朕躬違和，調理經年，近始痊愈，醫家皆言尚宜靜攝，不可過勞，因思怡賢親王仙逝之後，朕悲情難遏，曾親奠數次，頗覺精力勉強。”他這一次病的時間很長，從雍正七年冬天到雍正九年夏天或秋天，他的病情是寒熱不定，飲食失常，睡眠不安，究竟是什麽病，說不清楚。雍正八年正月二十四日，工部尚書李永升到杭州對李衛說： “皇上下頦偶有些微疙瘩”,已經好了。皇上有病與否，臣下是不敢傳說的，顯然這是在一定範圍宣布過的。下頦起疙瘩，是病情嚴重了，才會對臣下承認。這次病在雍正八年夏秋最重，這時他向田文鏡、李衛、鄂爾泰等心腹督撫秘密發出諭旨，要求向他推薦好醫生。他忙於訪求醫家，說是為允祥治病，其實是為得了重病的自己。果然有應命者，雍正八年(1730),李衛訪得河南省道士賈士芳，密加推薦，雍正於是命田文鏡把他送至京城。此人原是京中白雲觀道士，允祥曾於雍正七年(1729)推薦，召見過他，雍正認為他無用而遣出。他必是有一定名聲，李衛才得以聞名而舉薦。這次召其治病，他“口誦經咒，並用以手按摩之術”。開始很見效果，不久，雍正宣布他是妖人左道，要用妖術掌握他的健康，因此將他處死。究竟是什麽病，史料沒有記載。不過這次病的嚴重，還表現在他對後事的安排。雍正八年六月， “因聖躬違和”,召見允祿、允禮、弘曆、弘晝，大學士、內大臣數人， “麵諭遺詔大意”。九月，他將親自寫好的朱筆傳位密詔一事告知大學士張廷玉。如果不是病情嚴重，他不可能在五十三歲時便著手對後事的安排。這次病是怎樣治好的，不得而知，但總是讓他闖過了死神的糾纏。