耶魯大學最重要的管理特色是“教授治校”,這一特色對美國高等教育產生了巨大影響。
建校初期，經過三代校長的努力，耶魯逐漸形成了董事會不具體參與校務管理、而由教授會治校的法規。在當時的美國流傳著這樣一句話：“普林斯頓董事掌權、哈佛校長當家、耶魯教授做主”。
300年來，耶魯人一直為能夠堅持獨立精神，不向外來的政治壓力、物質利誘妥協而自豪——18世紀中葉，托馬斯·克萊普任院長期間，堅持耶魯是私立學校，並十分強調大學的獨立。為此，他采取一切可能的方式對地方政府的幹涉進行抵製，直至訴諸法律。
至20世紀60年代越戰期間，美國政府下令：凡是自稱以道德或宗教理由反戰的學生一律不準得到獎學金的資助。當時美國諸多名校全都遵照政府的指示行事。唯獨耶魯堅守學術獨立的一貫作風，仍繼續以申請者的成績為考慮獎學金的唯一原則，完全漠視政府的規定。
結果，耶魯因此失去了來自聯邦政府的一大筆基金，經濟上幾度陷入困境，但其信念依然不變。現任校長理查德·萊溫亦曾因捐款人對耶魯所設課程及其教授聘任提出附加要求，而毫不猶豫地拒絕了2000萬美元的捐贈。
加州大學前校長田長霖教授曾經說：“在美國，大家有一種認識，哪一個學校的教授力量大，哪一個學校將來就會成為最著名的學校。”教授治校不僅被伯克利奉為圭臬，也同樣是耶魯三百年來所尊奉的。
耶魯人文教育的目標之一是培養學生的人文精神：一種追求人生真諦的理性態度，即關懷人生價值的實現、人的自由與平等以及人與社會、自然之間的和諧等。校長理查德·萊溫也說：“讓青年學生們用自己在學術、藝術等專業上的成就為社會做出貢獻，為人類生存條件的改善而工作。”