1963年6月26日，霍多爾科夫斯基出生在莫斯科一個普通的集體公寓裏，是獨生子。
1986年，霍多爾科夫斯基畢業於莫斯科門捷列夫化工學院。同年，年僅23歲的霍多爾科夫斯基當選為共青團莫斯科市委第二書記。一年以後，霍多爾科夫斯基接收了跨地區的青年科技創業中心，成為蘇聯時期最早下海經商的弄潮兒。
1988年年底，頗具經濟頭腦的霍多爾科夫斯基同別人合夥開辦了一家商業投資銀行——梅納捷普銀行，並擔任了董事會主席。
1992年，伴隨著蘇聯的解體，俄羅斯開始大規模的施行私有化。霍多爾科夫斯基的梅納捷普銀行收購了100多家工業企業的股份，並開始建立子公司。梅納捷普銀行控股的俄羅斯工業公司下屬30多家公司，這些公司涉及石油、紡織、食品、化學、有色金屬、冶金、建築材料等行業。
1995年12月，梅納捷普銀行在政府拍賣國有企業時，以3.5億美元買下了尤科斯石油公司78%的股份，從此，尤科斯石油公司就成了霍多爾科夫斯基的搖錢樹。
1997年，霍多爾科夫斯基淡出其他行業，專心經營石油公司，他為尤科斯公司投入了17億美元的資金，後又花10億美元購買了年產1100萬噸石油的東方石油公司。
2003年4月22日，俄羅斯第二大石油公司尤科斯石油公司和第五大石油公司西伯利亞石油公司宣布合並，新公司取名為尤科斯一西伯利亞石油公司，新公司將成為俄羅斯第一、世界第四大石油公司。霍多爾科夫斯基的資產上升到80億美元，在世界富翁排行
榜中躍居第二十六位，成為全球最有影響力的十大富豪之一。
2003年10月25日，尤科斯石油公司總裁米哈伊爾·霍多爾科夫斯基在新西伯利亞機場自己的專機內被俄聯邦安全局人員逮捕，然後被押送回莫斯科，接受俄總檢察院的調查。