嚴世蕃被刑部判為“發極遠地區充軍”，獲得世宗同意。嚴嵩回到江西袁州後，上書世宗請求將嚴世蕃改戍近地，世宗沒有批準。但嚴世蕃未經同意，卻擅自返回家中，大舉修築園林，勢焰絲毫不減。
江西方麵的官員將嚴氏父子的情況密報徐階。為了掌握更多動向，徐階派遣自己的心腹南京禦史林潤以巡視長江防務的名義到達江西，與袁州推官郭諫臣密議之後，迅速發出密疏馳送京城。第四天，世宗就讀到林潤的疏文：
臣巡視上江，備訪江洋群盜悉竄入逃軍羅龍文、嚴世蕃家。龍文卜築深山，乘軒衣蟒，陰有不臣之心。而世蕃日夜與龍文誹謗時政，搖惑人心。近假名治第，招集勇士至四千餘人。道路恟懼，鹹謂變且不測，乞早正刑章，以絕禍本。
對嚴氏父子，世宗什麽都能容忍，唯獨不能容忍的就是謀反。所以，看到林潤的密疏，世宗立即下達了逮捕嚴世蕃、羅龍文的命令。奏疏中提到的羅龍文，是嚴世蕃交往多年的心腹。
當嚴、羅二人押解來京後，刑部擬罪，悉數羅列嚴氏父子的罪惡，包括冤殺楊繼盛與沈煉之事。奏疏送給世宗之前，先給徐階過目。他看過後，把奏疏擱在一邊，將刑部尚書黃光升與禦史林潤請入內室，屏退左右，輕聲說道：“二位君子，你們認為嚴公子應當死，還是應當活？”黃光升答：“當然是應當死，嚴世蕃死有餘辜。”徐階接著問：“那麽，你們二人審理此案，是要殺他呢，還是要救他？”黃光升答：“嚴世蕃的諸多罪惡，最令人發指者莫過於冤死楊繼盛與沈煉。我們特別加上這一條，就是要將此案辦成不可更改的鐵案。”
徐階笑道：“二位想法不差，但卻忽略了另一麵，楊繼盛、沈煉之死，天下人皆知其冤，但楊繼盛是中了嚴嵩之計觸犯皇上忌諱，皇上頒下特旨處死。兩人雖然均為嚴氏父子所害，但卻都是皇上下旨殺掉的。皇上從來不認為自己做錯了什麽事。這份獄詞若到了皇上手裏，他必然懷疑你們是揭發嚴氏父子的罪行來彰顯皇上的過失，這會引起他的盛怒。到時候，嚴世蕃可以從容出獄，而你們二位恐怕就會被定為死罪了。”