穆宗對高拱的信任，可以說是超過了所有閣臣。在穆宗看來，高拱有膽有識，學問淵博。從某種意義上說，他視高拱為“精神教父”，心理上產生了依賴。
當年，高拱為穆宗講授《論語》，講到“片言折獄”一段，讓穆宗記憶深刻。在《高文襄公全集》中，還保留了這段講義：
子曰：片言可以折獄，其由也歟。子路無宿諾。
片言是一言之間，折是剖斷明白，而人皆信服，獄是爭訟，由是子路的名。宿是隔夜，諾是有所許於人。子路無宿諾是門人說的。孔子說人之爭訟者，各要求勝，情偽千狀。聽訟者雖極力以鞫之，尚有不得其情者矣。若能於一言之間，剖斷曲直，使各當其情而人無不信服者，其惟仲由也歟！
蓋由之為人也，忠信而明決。忠信則人不忍欺，明決則人不能欺。故能片言而折獄也。
在穆宗看來，高拱就是“片言可以折獄”的子路，可擔任治理國家的重任。當徐階與高拱發生爭執時，以他懦弱的性格，不會因為偏袒高拱而得罪徐階。但徐階去職後，穆宗還是及時地把高拱請了回來。
高拱回到內閣急於做成的兩件事情，卻為官場所側目。
第一件事，就是將徐階通過遺詔形式而進行的平反昭雪工作全部推翻。他一到內閣，就給穆宗上了一道疏：
《明倫大典》頒示已久，今議事之臣假托詔旨，凡儀禮得罪者悉從褒顯，將使獻皇在廟之靈何以為享？先帝在天之靈何以為心？而陛下歲時入廟何以對越二聖？
《明倫大典》是世宗皇帝處理大禮案後留下的一部用法律形式肯定大禮的典籍。因大禮案被杖死、謫戍、罷黜的官員，在徐階的主持下盡數平反並獲得優恤，這是深得民心的大事。但高拱因為反對徐階，將這一深得民心的政治舉措予以革除。許多平反昭雪的官員又“一夜回到解放前”，這對剛剛開始的清明政治具有強大的殺傷力，以致兩年前彈劾高拱的言官胡應嘉和歐陽敬一兩人，都先後驚悸而死。更有甚者，當年王金、陶宏景等幾位蠱惑世宗迷戀齋醮的妖道，已經在徐階的主持下被問成死罪，羈押在死牢等待處決，這次也被高拱統統改判。高拱給穆宗上疏說：