此外，二〇〇三年“SARS”（嚴重急性呼吸道症候群，大陸稱“非典”）疫情風暴，襲擊亞洲地區，造成民眾身心陷入恐慌、焦慮、不安。尤其，台北市立和平醫院爆發院內感染，造成多名醫護人員的犧牲。疫情擴及全台北市，重創了台灣SARS醫療防護網。當時我正在日本弘法，聽到這個消息，也感到相當的憂慮。為了安撫眾人驚恐的心，特別發表《為SARS疫情祈願文》和《寫給和平醫院遭隔離人士的一封信》。
SARS疫情發生期間，全球各地佛光協會共捐贈N95外科醫療口罩四十餘萬個、美金二十二萬元、隔離防護衣十萬餘件、體溫計三千支給台灣，作為抗SARS之用。我們也出席由高雄縣政府聯合各宗教，在高雄勞工中心舉辦的“揮別SARS，平安台灣”祈福感恩晚會；之後也應福建省廈門市南普陀寺住持聖輝法師之邀，前往廈門參加南普陀寺舉行的“兩岸佛教界為降伏‘非典’國泰民安世界和平祈福法會”。主要告訴大家，非典肆虐乃眾生業力所致，降伏非典的重要武器是淨化身心，人人做好事、說好話、存好心，內心有了善的力量，就能消除惡業。祈求早日脫離SARS陰霾，人心安定。
與高雄縣楊秋興縣長、單國璽樞機主教，於高雄勞工教育中心舉行“揮別SARS，平安台灣”祈福感恩晚會，一同點燈為民眾祈福（二〇〇三年六月十四日）