為健全“中國佛教研究院”的教育體製，多日來參與慈惠法師等人的教製改革會議，初步擬定在佛光山教育院下設有三級院製：
佛光山“中國佛教研究院”（研究部）是屬一級院校，修學期限三年以上，其中分有僧伽教育研究班、義理儀製研究班、弘法教化研究班、法務行政研究班、佛教藝術研究班。招生分研究生（大專以上程度）與研究員（碩士以上程度）兩種。
佛光山叢林學院（大學部）屬二級院校，修學期限四年（含實習一年）。其間分有三個學部：
一、國際學部：內分有外籍學生輔導組、英文佛學係、日文佛學係、韓文佛學係、梵文佛學係、巴利文佛學係、藏文佛學係。
二、專修學部：分設有校本部、北海分部、西來分部，三處授課。內含有經論教理學係、文教弘法學係、法務行政學係、社會應用學係。
三、函授學部：授課期限四年。
佛光山東方佛教學院屬三級院校，修學期限二年。分別設有：大慈學園、大覺學園（含沙彌學園）、福山學園、圓福學園、普門學園、普賢學園暨都市佛學院。
另有男眾學部、女眾學部橫跨一、二、三級。