我們說變局難布，因為在變局當中，很多事情都還不明確，未定理，這就讓一些具投機心理的人覺得有機可乘，從而鑽出來興風作浪。這時，必須以果斷的決心遏製這一勢頭。實際上，變局正是在遏製與反遏製的鬥爭中漸成為穩局的。
隨著元朝經濟的發展，腐敗貪汙、賄賂趨勢反而在增強，以致出現官吏為報複而且相檢舉貪汙之笑話。如前任荊湖行省官員要束木貪汙不法，與脫脫忽有隙，去任後，為了報複反而檢劾荊湖行省的脫脫忽貪汙。脫脫忽不平，於是親自入朝，向忽必烈檢舉要束木在鄂州時貪暴不法，後兩人均因貪贓之罪而被懲處。
為了加大懲貪力度，至元二十八年，忽必烈下詔設立以懲治貪汙為主要職責的肅政廉訪司，以加強對官吏奸弊的查處力度。盡管這項設置不能從根本上解決問題，但也如後來的人們所說的那樣，所設的廉訪司，最初能弘揚正氣，使朝內朝外的官員，怦然有改過自新的念頭，大奸巨滑對此有所畏懼懾服而惶恐不安。從這一事實看，懲貪的措施應當是發揮了一定作用的。
為了弘揚正氣，忽必烈還時不時地表彰一些清廉的官吏，懲治一批貪官汙吏。例如廉希憲撫治江陵，素有清望，百姓感恩戴德。後因疾病而被忽必烈征召回北方時，百姓號泣遮道，史稱他北還之時“囊橐蕭然，琴書自隨而已”。忽必烈知道廉希憲清貧，特地賜給他五千兩白銀、一萬貫鈔，來嘉獎他的清廉，以激揚士氣。像此類表彰，忽必烈時還很多，在此不贅述。而對貪汙違法官吏，忽必烈則絕不心慈手軟，堅決予以打擊。當他聽說建寧路總管馬謀為官不法，掠取人財，接受百姓財物多達150錠的事情後，立刻命令禦史台將之逮捕並審劾定罪。對於以斂財為目的而禍國殃民的桑哥同黨沙不丁、納速刺丁滅裏、烏馬兒沙的、教化的等人，禦史官員彈劾他們助紂為虐，貪賄肆虐，使江淮之民愁怨載路，忽必烈立即將他們以貪贓罪處死或逮捕。這些都對貪汙有很大的震懾，對於澄清吏治起了一定的作用。為了整頓吏治，忽必烈命令地方官務必清政廉潔，一心奉公，不要結黨營私，請托權門。為此他派出一批能吏，專門去地方鏟除貪官汙吏、豪強，如張德輝為河南東路宣撫使，就以打擊豪強、罷黜貪官汙吏、均平百姓徭役為己任；廉希憲巡行郡縣，一次就鏟除二十多個貪官。許多官員也以廉明為標榜，為變革吏風作了不少的工作。