目前我國農村經濟雖有很大的發展，但結果仍不令人滿意，在發展中主要存在以下問題：
1.短時期內農業效益低下問題難以改變。農業與工業等相比是一個天然的弱勢產業，但同時也是必不可少的基礎產業。我國人多地少的狀況也決定了農業本身是一個低效益的產業。我國農村人口過多，農村人均耕地過少，中國農民人均耕作一兩畝地，一般農產品不進入市場，而是供農民自己消費，這是一種最低效益的產業。隨著工業化水平的提高，我國農業在國民經濟中的份額呈現不斷下降的趨勢。特別是改革開放以來，這一趨勢更加明顯，從1978年的28.1％下降到2002年的14.5％。總體來說，中國農業是為社會提供物質生活的基礎產品和原料的公益性部門，占用勞動力多而生產率低，需用固定資產多而利用率低，生產周期長而資金周轉較慢，產品價格低而盈利少，積累率低而自力發展能力差，而且在相當長的時期內難以改變這種狀況。
2.農業結構和農業從業人員結構發生重大變化。改革開放以來，特別是進入20世紀90年代之後，我國農村勞動力就業結構有了很大的改變：一是從事農業生產的絕對人員數量開始減少，由於農業機械化的發展，農村剩餘勞動力逐漸增多，從土地上解放出來的勞動力開始向就業機會比較多的城市轉移；另一個是農民的兼業化，高度分散的小規模的農民家庭經營條件下的農業風險比較大，從事一定的兼業能有效的分擔這種風險，但是這種兼業不能改變小農經濟的地位，它仍舊不是一種社會化的大生產。
另外，我國農業結構也發生了很大的調整，開始突破那種以糧食生產為中心的單一生產模式，開始逐步形成了多元生產結構格局。但是農業生產結構性矛盾仍然突出。在農業生產發展的同時，供求關係發生了很大變化，出現了階段性的農產品供大於求。在農產品總量出現階段性過剩的同時，農業生產結構與市場需求結構不相適應，現行農業生產結構不能很好地滿足新階段城鄉居民對農產品多樣化、優質化、專用化的消費需求。農村產業結構調整的另一個特點是曾經快速地向二、三產業轉移。特別是20世紀的80～90年代，農民在非農領域創造力迸發出來，非農產業特別是鄉鎮企業迅速發展。人們曾經以為“離土不離鄉，進廠不進城”是中國農村發展的規律和方向，是未來中國農村勞動力轉移的主要出路。但是，在最近的10多年間，這些鄉鎮企業紛紛轉製或者倒閉，原來意義上的集體所有、集體經營的企業已經寥若晨星，離鄉進城成為農村勞動力轉移的主導形式。