網上銷售農產品有這麽多好處，但必須注意，並非所有農產品都適合上網銷售。這是由這些農產品的固有特性和網上銷售運輸的快捷性要求所決定的。
從消費者角度看，網上購買農產品的主要是家庭或個人，機關、企業、學校等集團消費很少，因為無法在財務上做賬。而對於每個家庭來說，每天需要的農產品數量畢竟有限，不可能一下子就買太多。阿裏巴巴網的數據也證實了這一點，那就是農產品電子商務的交易單筆規模並不大，所以物流費用很難降下來。
這主要有兩方麵原因：一是農產品生產具有地域性
最典型的是，古人說“橘逾淮則枳”。意思是說，南方又大又甜的橘子，到了北方就種不出來了；北方隻能種出又小又酸的枳子來。這不是地域歧視，而是因為土壤的關係。
從有利的角度看，越是地域差別大的農產品越受歡迎，越適合在網上銷售。因為地域遠，本身就意味著路途相隔遙遠、運輸費用高，消費者更少看到、更願意嚐嚐。如全國知名的特色農產品新疆大棗、內蒙古奶酪、寧夏枸杞等，通過電子商務實現遠距離跨省運輸，就顯示出了強大的生命力。
以海南省為例，海南的生鮮農產品品種非常豐富，可是由於受物流影響、冷鏈配送成本高，所以生鮮農產品的網上銷售就根本無法到達我國東北等主要市場；可是由於受地域因素影響，海南的生鮮農產品恰恰在北方最受歡迎。這是一對矛盾。
從全國來看，2011年開始出現了上百家大大小小的生鮮農產品網絡平台，其中80%分布在二三線成市。由於遭遇到貨源、營銷和物流等瓶頸，到2012年末時隻剩下了幾十家，並且增長速度也開始放緩。
有鑒於此，海南澄邁橋沙現代農業開發有限公司董事長王文克一針見血地指出，網上銷售農產品看起來是銷售渠道的轉變，而其實質是銷售物流的改變；從大宗商品運輸轉變為小件運輸，成本要增加不少。