所謂“新三板”，是與“老三板”相對而言的，全稱是“全國中小企業股份轉讓係統”，簡稱“全國股份轉讓係統”。
1992年7月，原國家體製改革委員會授權批準STAQ係統進行法人股流通試點；1993年4月，中國人民銀行等九機構共同組建的NET法人股市場正式開通，合稱“兩網”；以區別於上海證券交易所、深圳證券交易所的“兩所”。2001年3月，為了解決“兩網”公司和“退市公司”（從“兩所”退市後改在全國股份轉讓係統掛牌交易的企業，這類股票需到開戶營業部開通相應權限後才能進行交易）的股份轉讓問題，我國創建了代辦股份轉讓係統，稱為“三板”。2006年1月，北京中關村科技園區非上市股份有限公司股份報價轉讓係統正式推出，成為主板、中小企業板、創業板市場的有力補充。因為這些掛牌公司不但都是高科技企業，而且還不同於過去專門承接“兩網”及“退市”公司的“老三板”，所以稱為“新三板”。兩者最大的區別是實行配對成交，設置30%的幅度，超過這個幅度便要公開買賣雙方信息。2012年，新三板市場交易範圍從中關村科技園區擴大到天津濱海、武漢東湖、上海張江等試點地區的非上市股份有限公司，2013年年末進一步擴大到全國範圍，成為主要針對中小微型企業非上市股份有限公司的股權交易平台。
容易看出，2012年9月全國中小企業股份轉讓係統的注冊成立，標誌著這家繼上海證券交易所、深圳證券交易所之後的全國第三家全國性證券交易所的正式亮相。與前麵兩家證券交易所（主板市場）相比，全國中小企業股份轉讓係統（新三板市場）的主要區別有以下三點：一是服務對象不同，它針對的主要是創新型、創業型、成長型中小微企業。這些企業規模普遍較小，並且缺乏穩定的盈利模式，所以上市沒有盈利要求。二是投資者群體不同，未來將會以機構投資者為主，要求具有較強的風險識別和承受能力。三是目的主要不是為了交易，而是媒介。具體地是指主要是為中小微企業與產業資本掛鉤提供服務，即為資本投入和退出服務。