《神學家》講述的是兩極相通的故事。自從有人類曆史以來，人的原始生命力同人的精神理念之間就一直進行著殊死的鬥爭。這種鬥爭不僅反映在宗教方麵，也反映在藝術領域內；人的精神史就是由這兩種事物繁衍出來的思潮之間的鬥爭史。作為個人，鬥爭又體現為理性與非理性在頭腦裏的對立，作為藝術創作，則體現為靈感與觀念之間的對立。對立是絕對的、永恒的，鬥爭是激烈的。人的野性發作猶如匈奴騎手，它可以滅掉一切文明，自己來充作神；當人這樣做的時候，他們潛意識裏卻感到了：他們要消滅的，就是他們所敬畏的、永遠不能真正消滅的東西—理性。
一種從生命出發的異教發展起來了，它起先叫作圓環派，後來又被稱作曆史派。相對於正統的宗教，這種教的教義強調時間的循環，強調人的主體的重要性，將這種重要性提到同神一樣的地位。作為正統的神學家，奧雷利亞諾和胡安都挺身而出來為耶穌辯護，憤怒地駁斥邪教的荒謬。在對待異教徒的態度上，胡安又比奧雷利亞諾更為徹底地堅持正統信仰，並且在理念上更為清晰，有邏輯性。他的論點無懈可擊，令奧雷利亞諾大為妒忌。然而奧雷利亞諾暗暗地感到了，恰好是在胡安那些極為正統、雄辯的言辭裏，包含了致命的矛盾與躊躇；這對於他來說是非常危險的，就好像他之所以要言辭激烈地批判異教，是因為異教的教義深深地吸引住了他，他正在通過否定來進行探索似的。那種奇異的衝動使得胡安窮追猛打，直至將異教首領送上火刑柱，最後將批判完成。奧雷利亞諾默默地觀察著胡安，看著他如何完成那種微妙的自我轉化，如何在消滅了對立麵之後自己就變成了對方。奧、胡和優福波三者之間的關係就如同套在一起的三個迷宮：胡安消滅了他的心頭之患優福波之後，奧雷利亞諾就在暗中策劃要消滅他的心頭之患胡安，最後終於通過告密的方式如願，讓教廷的理性戰勝了邪惡的欲望，把胡安送上了火刑柱。但欲望難道真的可以滅絕嗎？失去了對立麵的奧雷利亞諾在漫長的孤寂生涯中靈魂分裂了，理性崩潰，他葬身於同樣的火的迷宮。他的結局和胡安的結局都應了異教徒優福波的那句話：“你點燃的不是一個火堆，而是一個火的迷宮。如果把從前所有的火堆集合在這裏，大地都容納不下，而且還會把天使的眼睛燒瞎。”[1]在上帝眼中，這三個子民以及無數對立的子民合成了一個大寫的“人”。