三日後，湘軍三路大軍如期開拔，左宗棠作為這個北伐策略的製定者，並沒有上前線，而是依然在後方，為曾國藩大軍提供後勤補給保障。這一次湘軍北伐計劃周密、準備充足，再加上所有湘軍將領知恥而後勇，很快就取勝建功，並且還是三路大軍同時報捷。先後攻取拿下通城、崇陽兩縣的糧餉囤積重地，整個洞庭湖及其周邊，再加上武漢三鎮，隨後三路大軍會師，又在田家鎮重創太平賊匪援軍，殺敵數萬，繳獲無數。至此，湖北大部分地方已被湘軍收複，誌得意滿的曾國藩攜數萬湘軍順長江直下，進軍九江，直接威懾太平軍占據的江西、安徽。
鹹豐六年，太平匪軍的悍將翼王石達開，於九江一帶大敗湘軍，曾國藩率殘部潰逃至江西南昌據城死守。當年秋，太平匪軍內部的幾大匪首因奪權，爆發了劇烈的衝突，賊匪東王楊秀清、北王韋昌輝死於內亂，翼王石達開率部西走。趁此機會，被困於南昌的曾國藩，不但僥幸脫困，又相繼收複之前因戰敗丟失的大半失地。此後兩年，戰事陷入膠著狀態，湘軍和太平軍互有勝負，一時間誰也奈何不了對方。
左宗棠看得清楚，他一早就明白，湘軍想要取得剿滅太平賊軍這場戰爭的勝利，現在已不僅僅要在與敵軍戰場上的軍事爭鬥中取得主動，還要湘軍派係的官員在官場上與中央朝廷及滿人官員的權利角逐中取得主動。甚至後者比前者還要重要，因為隻要能牢牢握住地方實權，才能源源不斷地從地方上攫取實實在在的錢糧，來作為維持軍隊實力、擴充軍隊勢力的基本保障。
經過幾年南征北戰，現在整個湘軍體係已達到二十多萬人之眾，在整個長江以南地區朝廷綠營、八旗兩軍加起來也不如湘軍勢大。對此，朝廷很難不對湘軍生出猜忌之心，進而開始控製湘軍規模、打壓湘軍幾大首領也就不足為奇。胡林翼近幾年一直被鹹豐帝調到湖廣總督手下任職，彭玉麟則被四處征調，至於曾國藩每逢湘軍有功，朝廷也隻是授予虛職極少放其實權。隻有左宗棠因為是以湖南巡撫駱秉章幕僚的身份。常年居於幕後，雖然在湖南官場內部、湘軍體係內部大名鼎鼎，但在外一直不怎麽顯露山水。因此這幾年他這個實際上能夠左右湘軍重大決策和行動的湘係勢力首領之一卻幾乎沒怎麽受到波及。然而，左宗棠怎麽也不會想到，一場正在針對他的官場風暴，正在京城醞釀並展開。而這場官場風暴的始作俑者，就是左宗棠幾年前得罪過的那個永州總兵樊燮。