兩宮皇太後發動政變，開始掌權不久，包括曾國藩在內的湘軍一係主要官員，又紛紛借機上奏保舉左宗棠為浙江巡撫。現在的各路湘軍勢力下人馬，加起來足有數十萬餘人，已成尾大不掉之勢，迫於湘軍派係的壓力，朝廷不得不正式下旨委任左宗棠為浙江巡撫。如願得到浙江巡撫一職後，左宗棠開始招兵買馬，迅速將兵力擴充達到了三萬餘人，並加快了收複浙江全境的步伐。
同治元年五月，左宗棠分兵九路向東推進，隻用了短短一月時間，就連克太平軍三十餘座營寨。時年八月，左宗棠手下的九路大軍，便已攻克浙江半境，負責守衛浙江的太平軍主將是左宗棠的老對頭李世賢。這李世賢由於多次在與左宗棠的交手，均都是吃虧告終，所以在他的內心，早已對左宗棠十分忌憚，甚至有些恐懼。眼見，左宗棠越發勢大，而此消彼長下，自己這邊更加士氣消沉。見勢不妙，李世賢便以馳援天京，解救天王洪秀全為由，率領自己的六七萬嫡係人馬，如過街老鼠一般逃竄，很快便離開了浙江，因撤退得比較衝忙，還丟下一眾散兵遊勇殿後抵禦左宗棠。
左宗棠抓住這一大好良機，又用了短短幾個月時間，便成功收複了金華、義烏、東陽、諸暨、紹興等數座浙江要地。同治二年，眼看浙江大半已被收複，左宗棠正欲一鼓作氣拿下杭州城時，意外發生了，他的軍隊裏忽然蔓延起了惡性瘟疫。湘軍軍中，因感染瘟疫而死去的將士，達到了五千人之多，此外，還有兩萬人因為感染瘟疫，遲遲不能好轉，暫時失去了戰鬥力。甚至就連左宗棠本人，也因為感染了瘧疾，臥床月餘、不堪所累。
因為這次意外狀況，給了浙江境內的太平軍苟延殘喘的機會。等到兩三個月後，左宗棠手下的軍隊從瘟疫中緩過來時，太平軍又趁此時機擴充了一定實力。這導致左宗棠及其手下軍隊，又不得不在富陽一帶與太平軍，再度僵持了半年之久。另一邊在浙北，本就一直覬覦浙江已久的江蘇巡撫李鴻章，以幫助左宗棠剿滅浙江境內餘匪為由，安排其手下一部分淮軍聯合洋人雇傭兵“常捷軍”從蘇南出兵，很快就占領了浙北十餘縣，且還沒有絲毫停下的跡象，大有與左宗棠爭相比較，看誰能率先拿下杭州建功的意思。而李鴻章越是如此，朝廷反倒越加放任他的種種行為，左宗棠很快就看清楚了其中的含義，朝廷分明就是想利用新崛起的李鴻章及其淮軍，來製衡打壓自己所屬的湘軍，李鴻章也正是因為看透了這一點，所以才會如此有恃無恐地大肆擴張淮軍勢力，並且也才敢如此肆無忌憚地與湘軍爭奪利益。