左宗棠到達福州後積極備戰，製定詳細的作戰策略，每日命人抬著他，拖著病軀，親自檢查沿海每一座軍營炮台。左宗棠早就意識到，法國人進攻福建水師的真正目的，不在於侵占福建，而在於擊潰清軍水師後，能夠順利占領整個台灣島。因此，左宗棠抵達福州督軍後，尤其注重對岸台灣島的戰情況事，不過此時，鎮守台灣島的乃是李鴻章的心腹，淮軍悍將劉銘傳。左宗棠原想給朝廷施壓，換掉這劉銘傳，可是當左宗棠聽說，劉銘傳在台灣島英勇抗法的事情後，便摒棄前嫌，轉而開始大力支持劉銘傳，先後給台灣島運去十餘萬餉銀、數千將士，以及數船火器彈藥。此外，左宗棠還上奏朝廷，將台灣島設為省製，以便於駐台官員，更好的利用分配當地的財政權利，一次更好的抵抗外國侵略勢力的入侵。
法國人見福建、台灣島，這海峽兩岸軍民一心、齊呼迎戰，最終，知難而退放棄了侵占台灣島的計劃，轉頭開始集中力量，全力攻打西南邊境，意欲從西南方向叩開大清國門，不過讓法國侵略者大為失望的是，台灣島保衛戰的勝利，也讓大清西南邊境的將士，頓時信心大增、士氣上漲。在光緒十一年春，左宗棠推舉的湘軍名將王德榜率領的“恪靖定邊軍”，配合老將馮子材在鎮南關連戰連捷，不但克複涼山，大挫法軍，更是取得了鎮南關大捷。
就在西南各軍，準備乘勝追擊擴大戰果時，朝廷卻本著“見好就收”的策略，連下幾道旨意，強令西南各軍停止追擊。
不久，以慈禧為首的朝廷主和派，就火速與法國簽訂了停戰協議《巴黎停戰協定》，在此條約中，清政府不但承認了，將自己藩屬國越南讓歸法國殖民，還讓渡關稅利益以支持法國在廣東、廣西、雲南的通商收益，最讓國人難以接受的是，清政府竟然還允許法國在大清的土地上建設開通“商辦”鐵路！一紙《巴黎停戰協定》令法國不勝而勝，令大清不敗而敗。