燕肅對潮汐的精確研究得益於他的另一項重大發明——蓮花漏。
蓮花漏，是一種刻漏計時器。在鍾表出現以前，主要用刻漏計時，遠在周朝我國已會製造這種儀器，以後各代都有製造並不斷改進。
刻漏是利用滴水記時的原理製成，通常有兩種形式：一種是記錄它把水漏完的“泄水型”，另一種是底部無開口的窗口，注意它用多少時間把水裝滿的“受水型”。但自漢代以後，最初這一類型隻有一個貯水壺，但壺中的水漸漸漏完，水麵也隨之逐漸降低，而產生水流遲緩現象，計時便不準確了。解決這一困難的辦法是在貯水壺和受水壺之間加入一個或許多個補償壺。但這樣一來所有用壺數逐漸增加，係統就會顯得笨重複雜。
燕肅經過多年實驗，在天聖八年（1030年），蓮花漏實驗成功。這種漏壺因箭壺上有一銅製荷葉，葉中支一蓮花，上端的刻箭形如蓮蓬，故名蓮花漏。
燕肅發明的蓮花漏較舊刻漏有很大改進，它由上、下兩個水池盛水，上池漏於下池，再由銅鳥均勻地注入石壺，石壺上有蓮葉蓋，一支箭首刻著蓮花的浮箭，插入蓮葉蓋中心。箭為木製，由於水的浮力，便能穿過蓮心沿直徑上升，箭上有刻度，從刻度就可以看出是什麽時刻和什麽節氣了。根據全年每日晝夜的長短微有差異，又把二十四節氣製成長短刻度不同的四十八支浮箭，每一個節氣晝夜各更換一支。這種刻漏製作簡單，計時準確，設計精巧，便於推廣。
燕肅每到一地做官，就把蓮花漏的製作和使用方法刻在石碑上以方便人們使用，並製成樣品加以推廣，好多地方都用他的蓮花漏來檢驗時間，結果相當精密。
由於燕肅的蓮花漏隻有兩個壺，製作簡單，設計精巧，計時準確，便於推廣。經過多次試驗之後，宋仁宗於景祐三年（1036年）頒行全國使用，得到了各方麵的稱讚。