曆盡艱辛，李四光和他的地質研究所同事終於抵達戰時陪都重慶，結束了為期數月的險惡奔波。飄飄何所似，天地一沙鷗！
時值已是初冬季節，早晚寒風襲人。汽車一路顛簸，幾經周折，來到四川地質研究所的門前。所長侯德封此前已知李四光一行要到，在後院騰出了幾間房屋，請他們暫在所內安歇。
長途奔波，精疲力竭，對55歲的李四光來說，是一個不小的考驗，再加上這裏是李四光最不想來的重慶，觸景傷情，他難免又想起了愛徒朱森蒙冤離世的慘痛過往！
朱森回國後，重慶大學校長胡庶華聘他去該校新辦的地質係任教授，朱森征得李四光同意，1938年春帶著全家赴職。他深感中國地質人才缺乏，教學十分勤勉認真，深得學生愛戴，第二年即升任地質係主任。他自編了英文講義《地層古生物學綱要》，又編了《地史學》講義，除課堂講授，對課下輔導及野外實習也十分重視。至野外時，總在晚間給學生耐心答疑，指導編寫報告。一切安排妥當後，才最後歸寢。他在教學的同時也進行科研，1939年暑期調查川北龍門山地質，1940年夏又研究灌縣地質，1941年春率學生研究南川地質。
1941年夏，中央大學地質係主任李學清辭職，校長顧孟餘聘朱森接任，朱森商請俞建章主持重慶大學地質係係務之後，去中央大學上任，同時也在兩校兼課。接任不久，他帶學生去野外實習，而中央大學、重慶大學都給他家送去一個月的平價米5鬥。朱夫人文化不高，未問清情由就照收不誤。後來，別有用心的人向教育部與糧食部告密，誣指朱森重複冒領平價米，教育部長陳立夫竟通令給朱森記大過一次！
朱森一生清廉，遭此不白之冤，心情憂鬱，胃潰瘍陳疾加劇，多方救治無效，1942年7月6日溘然長逝，年僅40歲。