當官並非李四光的願望，李四光歸國後第一次見到周總理，便提出回南京搞地質科學研究的願望，但總理希望他協助郭沫若把中國科學院工作搞好，把全國地質工作統領起來。
在中科院的一次大會上，李四光說道：“最近二三十年來，我們學術界中買辦意識很強，是怎麽來的呢？有三個環。第一個是從小學到大學。在這一環中，成千上萬的同胞和許多貧苦的人被淘汰掉，隻有特殊階級或具有特殊原因的人才能進入這一環。第二環是大學畢業後出洋進外國大學。初是讀書，再是研究，最後做論文、得博士。這一環，一小半掌握在中國人自己手裏，大半是掌握在外國人手裏。因此，慢慢和外國教授產生了關係。他們看你是中國人，特別照顧，把你的文章介紹到外國專門雜誌上登出來。這樣頭也大了，手也高了，國內各學校紛紛來信請你回國教書。一回到國內，看到學校設備不全，儀器不好，便不滿意。先是和使館洋行來往，漸漸便和政府產生了關係，被邀請、受重視。過幾年，政府又派他出洋，回味一下洋味，換一套新洋裝，這是第三環。這樣一來，在學生中間造成一種都羨慕留學的風氣，便成了買辦教育了。檢討起來，自己也是其中的一個。買辦教育的特點，是不拿自己的問題來討論，做學問也要做洋奴。還有，我們的同學、朋友、師生，都是在封建製度下生長的，又在買辦的圈子中打過轉轉，跑到學術機關，也往往容易形成自己的係統。這些，都是值得我們懺悔和檢討的。”
這是李四光誠懇的自省和反思。他所說的“容易形成自己的係統”，即學術界、科技界帶有半封建、半殖民地特色的小圈子和宗派主義。地質機構三分天下，尤其突出。有人對李四光不服，與他格格不入，明顯不禮貌，李四光心知肚明。在這種情勢下，他不願當地質部長。但中央對他期許甚高，他也感到責無旁貸，於是，“經過考慮、鬥爭，認為隻顧自己的興趣，就是自私。所以才決定任命需要我做什麽，我就做什麽，一直到我不能做的時候。”