實驗用過的玻璃儀器必須立即清洗幹淨。一般是先用水、洗衣粉刷洗，再用合適的毛刷沾去汙劑洗刷（腐蝕性洗液不能用刷子），或浸泡在0.5％的清洗劑中超聲清洗（比色皿決不可超聲），最後用自來水徹底洗淨殘留的去汙劑。
（3） 石英和玻璃比色皿的清洗
決不可用強堿清洗，因為強堿會侵蝕拋光的比色皿。隻能用洗液或1％～2％的去汙劑浸泡，再用自來水衝洗，可用一支綢布包裹的小棒或棉花球棒刷洗，效果會更好。若用於精製或有機分析的器皿，除用上述方法處理外，還須用蒸餾水搖洗。器皿是否清潔的標誌：加水倒置，水順著器壁流下，內壁被水潤濕有一層薄且均勻的水膜，不掛水珠。
（4） 塑料器皿的清洗
聚乙烯、聚丙烯等塑料器皿已被廣泛應用於生物化學實驗中。塑料器皿第一次使用時，先用8mol/L尿素（用濃鹽酸調pH=1）水溶液清洗，再依次用去離子水、1mol/L KOH溶液、去離子水清洗，接著用1～3mol/L EDTA除去金屬離子，最後用去離子水徹底清洗。以後每次使用時，隻需先用0.5％去汙劑清洗，再用自來水和去離子水洗淨即可。
3. 玻璃儀器的幹燥
有機化學實驗需要使用幹燥的玻璃儀器，幹燥方法有下列幾種：
（1） 自然風幹
自然風幹是指將已洗淨的玻璃儀器在幹燥架上自然晾幹，是一種常用而簡單的玻璃儀器幹燥方法，但幹燥速度較慢。
（2） 烘幹
烘幹是指將已洗淨的玻璃儀器放入烘箱中烘幹。應注意：放置玻璃儀器應按照從上層到下層的順序依次擺放；一般要求玻璃儀器不帶水珠，器皿口向上；帶磨砂口玻璃塞的儀器必須取出旋塞；帶橡膠製品的玻璃儀器，在放入烘箱前必須提前取下橡膠製品；烘箱內的溫度保持105～110℃，烘幹時間約0.5h；待烘箱內的溫度降至室溫方可取出玻璃儀器，切不可將很熱的玻璃儀器取出，以免驟冷而破裂；當烘箱已工作時，則不能往上層放入濕的器皿，以免水滴下落，使熱的器皿驟冷而破裂；硝酸纖維素的塑料離心管加熱時會爆炸，故絕對不能放入烘箱中幹燥，隻能用冷風吹幹。