永曆朝廷既是這樣無能，清廷才能放心大膽地集中兵力鎮壓晉、陝義軍。薑瓖反清後，清廷歸罪於宣大總督耿焞未能事先防範，把他革職[74]，由佟養量接任。佟養量帶領所部山東兵進攻代州一帶的劉遷部，先後在平刑（平型關）、雁門擊敗劉軍，劉遷率領部眾退入五台山區扼險據守。清軍憑借優勢兵力在降將引路下翻山越嶺逐寨進攻，把劉遷部壓縮到一個狹小的山區[75]。最後在黃香寨激戰，劉遷父子陣亡[76]。代州地區複明武裝的覆敗，解除了圍困大同清軍的背麵威脅，初步使山西戰局變得對清方有利。
到1649年（順治六年）六月，清軍雖然攻克了山西部分州縣，形勢有所好轉，多爾袞擔心在山西被牽製的兵力太多，曠日持久必將影響全國，於是他決定再次親征大同。離京前夕召集朝廷各衙門滿、漢官員做了一番解釋，說：“予之行也，非以諸王大臣不勝其任，但恐行師之際擾及良民，故為親行。”[77]這種不成理由的說法隻是為了掩蓋他內心的焦慮。多爾袞的第二次親征曆時一個多月，八月間回京時他本人並沒有取得什麽戰果。但是，清廷差不多把全部精銳兵力投入山西戰場，當地的複明勢力終於招架不住了。大同城裏的糧食消耗已盡，“兵民饑餓，死亡殆盡，餘兵無幾”[78]。在外援無望的情況下，薑瓖部下的總兵楊振威變節，暗中派人出城向圍城清軍接洽投降。八月二十八日，楊振威帶領六百餘名官兵叛變，殺害薑瓖與其兄薑琳、弟薑有光，持首級出城投降[79]。次日，清軍入城。多爾袞得到報告後，下令除楊振威的官兵家屬外，大同城內的“官吏兵民盡行誅之”。由於圍攻八月之久始終攻不下這座堅城，多爾袞傳諭把城牆高度拆除五尺，借以泄憤。在這前後，征西大將軍和碩親王滿達海軍攻克朔州、馬邑等處，明寧武總兵劉偉等投降。定西大將軍端重親王博洛軍攻克孝義、平遙、遼州、榆社等處。陝西總督孟喬芳和戶部侍郎額色帶領滿漢兵渡過黃河攻克蒲州、臨晉、河津、解州、猗氏等處，義軍首領白璋在榮河陣亡[80]。九月二十二日，陝西清軍攻克運城，明義軍元帥韓昭宣陣亡，戰死官兵一萬餘人，“屍滿街衢”；另一位首領虞胤乘亂逃出[81]。同月，博洛、滿達海二親王會兵合攻汾州。十三日夜間，用紅衣大炮猛轟北關，第二天從城牆坍塌處衝入城內，義軍所設巡撫薑建勳、布政使劉炳然突圍出城後被清軍擒殺。由於清軍攻破汾州後把城中百姓屠戮一空，嵐縣、永寧州（今呂梁市離石區）紳士唯恐同歸於盡，把義軍委派的知縣、知州綁赴軍前，開城投降[82]。十月初四日，滿達海軍用紅衣大炮攻破太穀縣；初十日占領沁州，接著又攻克潞安（今長治市）[83]。十一月，博洛率領鎮國公韓岱、固山額真石廷柱、左夢庚等部在澤州（今晉城）擊敗反清義師，義軍部院陳杜、監軍道何守忠、守將張鬥光等被擒殺[84]。這時，山西大勢已定，多爾袞才決定諸王統軍回京，隻留下多羅郡王瓦克達繼續清剿山西未平各地[85]。十二月，陝西清軍吳三桂、李國翰部擊敗榆林義軍，殺劉登樓、任一貴、謝汝德等首領人物。吳三桂平定該地後，分兵渡河進攻山西偏關，義軍總兵賀國柱見大勢已去，為清軍充當內應，義軍總督萬練自焚而死[86]。