劉文秀既然已經把清軍堵扼於保寧一隅之地，收複了四川絕大部分地區，軍聲大振；心懷去誌的吳三桂等能守住保寧即已自慶，發動反攻的可能性極小。在這種情形下，劉文秀完全可以暫緩直攻保寧，而在加強對該城清軍戒備的同時，采取有力措施經營四川，設官安民，招集流亡，聯絡土司，加緊屯田，漸興文教，使自己立於不敗之地。就軍事而言，收複重慶之後劉文秀同夔東十三家抗清武裝已經連成一片，可以動用的兵力大大增加，在適當時機會同作戰，不僅收複保寧易如反掌，繼續北上陝西漢中或東下湖北，前景必甚可觀。總之，劉文秀並沒有認識到他的主力直逼保寧城郊之時，恢複四川的戰役已經取得輝煌戰果，因為穩定了四川局勢，經營得法，社會生產逐漸恢複，就可以大大加強南明政權人力、物力和戰略上的有利地位，貴州、雲南已遠離前線，長期局促於川東鄂西貧瘠山區的夔東抗清武裝隻要劉文秀以大局為重，加意聯絡，也必將大有作為[94]。
然而，劉文秀計不出此。他的意圖不僅要乘勝收複保寧，而且要把四川境內的清軍殺得片甲不留。十月初二日他率領大將王複臣、王自奇、李本高、祁三升、關友才、張光璧等[95]五萬餘兵馬迫近保寧。劉文秀下令搭造浮橋濟師，主力部署在保寧城北麵。攻城以前，他甚至抽調一部分軍隊“北塞葭萌關，東塞梁山關”[96]，防止攻克保寧後清軍突圍竄入陝西。時人韓國相記載：“是時有南府劉文秀者統兵四萬餘，追清兵來屯保寧梁山關，聲勢大振。自以為戰必勝，攻必克關。而清兵心膽墮地，主走劍閣出七盤，而已置四川於不問。”[97]這就是說，劉文秀誌在全殲吳三桂、李國翰、李國英所部清軍，改變了三麵據險、俯扼清軍的態勢，使自己的主力置於保寧城北敵守重鎮，東、西背水的危境，在兵法上違背了“圍師必缺”的原則。吳三桂等眼看已經沒有退路，唯有困獸猶鬥、背城一戰才可絕處逢生。滅虜將軍王複臣對這種部署深為憂慮，向劉文秀建議集中兵力攻打保寧城的薄弱部，破城以後吳三桂等部清軍雖不能全殲，但必然逃往陝西，四川全省可以平定；而包圍全城，分兵把口勢必暴露出己方弱點，給清軍以可乘之機。這一正確意見遭到劉文秀斷然拒絕，從而導致了保寧戰役的慘敗。