1652年（順治九年、永曆六年）正月初三日，鄭成功率領船艦兩千餘號，直航漳州府海澄港口。清守城參將赫文興[40]、署海澄縣知縣甘體垣開城投降，鄭成功授赫文興為前鋒鎮。初十日，分兵切斷由泉州通往漳州的要道江東橋，清漳州總兵王邦俊據守漳州府城（今漳州市）。十二日，鄭軍占領平和縣，漳州“鄉民樹旗響應，四麵皆敵，孤城單危，勢在急迫，萬難支吾”[41]。二月初二日，鄭軍奮勇攻城，清軍負隅頑抗，遊兵營吳世珍中炮犧牲，強攻未能得手。鄭成功下令火器營何明帶領士兵挖掘坑道，準備掘進至城牆底下時填塞火藥，用放崩法轟塌城牆，乘勢突進府城。三月初七日，點燃引線，火藥爆發，才發現因測量距離不準，坑道尚未挖到城牆底下，爆破計劃失敗。鄭成功誌在必克，改而采取圍困戰術，“聚集二十七萬之悍賊，砌築八十七座之木寨，環樹二層柵木，外挖兩重溝濠，棋布星列，渾如鐵桶”[42]。
清浙閩總督陳錦見漳州危急，火速抽調兩省兵力來援。三月初十日進至馬蹄山，與鄭軍相距五裏；十三日兩軍合戰，陳錦部大敗，兵員器械損失很多。陳錦退到同安城外紮營。五月，他派浙江金華總兵馬進寶統兵援救漳州；鄭成功知道城內糧食不多，清援軍入城勢必增加困難，於是下令對馬進寶軍不加阻擊，任其**城中，隨即發兵切斷其後路，繼續圍困[43]。馬進寶軍入城後，曾同漳州總兵王邦俊一道開東門出戰，被鄭軍擊敗，從此閉門固守。
陳錦和福建提督楊名高、右路總兵馬得功紮營於同安城外，在馬進寶直抵漳州城下時以為已經解圍，高興了一陣子，不久就發現中了鄭成功“糧盡自降”的計謀[44]，王、馬二部被圍在漳州城內，自己手上的兵力又不足以進戰解圍。陳錦除了向朝廷告急，請派援兵外，弄得一籌莫展。他擔心清廷所遣援兵到達之前，漳州可能失守，而漳州一旦失守，鄭軍乘勝進攻閩浙各地，自己將無力招架。由於心中煩悶，陳錦經常暴躁如雷，對身邊服侍人員稍不如意便發怒打罵。他的家奴李進忠、李忠、盧丕昌、陳恩等懷恨在心，暗中商議把陳錦殺了，帶上總督印信逃往鄭成功處獻功，求個一官半職。七月初七日晚上，由李忠下手把陳錦刺殺於同安灌口帳篷中，慌亂當中除李進忠逃至鄭軍請賞外，李忠等人都被擒獲[45]。清廷得報漳州形勢危急，總督又遇刺身亡，決定派固山額真金礪為平南將軍統兵火速入閩。