清軍占領南京，活捉弘光帝以後，派出使者招撫南直隸各府縣。絕大多數地方都懾於清朝兵威，納土投降。其間，隻有楊文驄帶領一支軍隊闖入蘇州，把清政府派來招撫蘇鬆地區的黃家鼎等處斬。但是，楊文驄卻沒有把當地紳民組織起來據城固守，而是乘清軍來到之前主動放棄該地，退往浙江。江南各地的紳民迫於剃發令，群情激奮，紛紛自發舉兵抗清。首先高舉義旗的是常州府屬的一個小小縣城——江陰縣。
在弘光政權迅速瓦解的大變動中，江陰縣的明朝知縣林之驥解印去職，清政府委派的知縣方亨上任後遵照清廷法令張貼布告叫百姓剃發。閏六月初一日，生員許用等人在孔廟明倫堂集會，一致決定：“頭可斷，發決不可剃也。”正在這時，常州府發來嚴令剃發的文書，其中有“留頭不留發，留發不留頭”的話。方亨叫書吏把府文寫成布告張貼，書吏寫到這句話時，義憤填膺，把筆扔到地上說：“就死也罷！”消息很快傳遍全城，立刻鼎沸起來。方亨見士民不從，秘密報告常州府請上司派兵“多殺樹威”。這封密信被義民搜獲，於是在初二日把方亨等逮捕，推典史陳明遇為首，以“大明中興”為旗號，自稱江陰義民正式反清。陳明遇雖然胸懷忠肝義膽，卻感到自己缺乏軍事組織才能，在他推薦下江陰士民把鄉居的原任典史（弘光時調升廣東英德縣主簿，未赴任）閻應元迎接入城擔負守城重任。閻應元入城後立即把全城的戶口分別丁壯老幼詳加調查，挑選年輕力壯的男子組成民兵，會合鄉兵二十餘萬人分班上城，每個城垛十名，按時換班。由武舉人王公略守東門，汪把總守南門，陳明遇守西門，應元自任守北門。他和陳明遇兼負晝夜巡查四門的責任。對城中過往行人嚴加盤詰，肅清內奸。為了解決軍械糧餉供應等問題，閻應元同紳民商議後，委任擅長理財人士負責把城內公私所藏物資分類征集，統一分配使用。在閻應元的領導下，很快就做到了人盡其才，物盡其用，各方麵的工作做得井井有條。[8]